Do đặc thù riêng của khu vực đô thị là đất gắn liền với nhà nên không thể tách riêng rẽ công tác đăng ký quyền sử dụng đất với quyền sở hữu nhà.
Là một đơn vị sự nghiệp có thu VPĐKĐĐ Ninh Bình tổ chức hoạt động theo các phòng chuyên môn và 8 phòng chi nhánh: Chi nhánh VPĐKĐĐ thành phố Ninh Bình, Chi nhánh VPĐKĐĐ thành phố Tam Điệp, Chi nhánh VPĐKĐĐ huyện Yên Khánh, Chi nhánh VPĐKĐĐ huyện Yên Mô, Chi nhánh VPĐKĐĐ huyện Nho Quan, Chi nhánh VPĐKĐĐ huyện Gia Viễn, Chi nhánh VPĐKĐĐ huyện Kim Sơn, Chi nhánh VPĐKĐĐ huyện Hoa Lư.
Chi nhánh văn phòng đăng ký đất đai Ninh Bình có Giám đốc và không quá 02 Phó Giám đốc. Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm Giám đốc và Phó Giám đốc Chi nhánh văn phòng đăng ký đất đai thực hiện theo phân cấp quản lý cán bộ của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh và phù hợp với tiêu chuẩn chức danh theo quy định của pháp luật.
Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường quy định cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Chi nhánh văn phòng đăng ký đất đai cấp tỉnh theo đề nghị của Giám đốc Văn phòng.
Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp thành phố quy định cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức của Chi nhánh văn phòng đăng ký đất đai cấp thành phố theo đề nghị của Trưởng phòng Tài nguyên và Môi trường và Trưởng phòng nội vụ.
Biên chế của Văn phòng sử dụng đất là biên chế sự nghiệp do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quyết định. Việc quản lý, sử dụng biên chế của Chi nhánh văn phòng đăng ký đất đai được thực hiện theo quy định tại Nghị định số 112/2004/NĐ-CP ngày 08 tháng 4 năm 2004 của Chính phủ quy định cơ chế quản lý biên chế đối với đơn vị sự nghiệp của Nhà nước; Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25 tháng 4 năm 2006 của Chính phủ quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập và các văn bản hướng dẫn nghị định này.