Nếu nhƣ những quy định về trách nhiệm hành chính của tổ chức, cá nhân là đình chỉ hoạt động, buộc tháo dỡ công trình, xử lý ô nhiễm thì khắc phục ở trách nhiệm dân sự lại theo một hƣớng khác. Ngƣời nào có hành vi phá hoại, gây tổn hại đến môi trƣờng, không tuân theo những quy định của cơ quan nhà nƣớc có thẩm quyền khi có sự cố môi trƣờng, không thực hiện các quy định về đánh giá tác động môi trƣờng, quy phạm các quy định của pháp
luật môi trƣờng gây thiệt hại cho tổ chức hay cộng đồng sẽ phải chịu trách nhiệm dân sự. Trách nhiệm dân sự trong lĩnh vực BVMT đƣợc áp dụng đối với các chủ thể chủ yếu dƣới hình thức bồi thƣờng thiệt hại. Điều 172 Bộ Luật Dân sự năm 2015 quy định nghĩa vụ BVMT của các tổ chức, cá nhân, theo đó khi các tổ chức cá nhân làm ô nhiễm môi trƣờng thì phải chấm dứt hành vi gây ô nhiễm, thực hiện biện pháp khắc phục hậu quả và bồi thƣờng thiệt hại. Điều 602 Bộ Luật Dân sự năm 2015 cũng quy định chủ thể phải bồi thƣờng thiệt hại do làm ô nhiễm môi trƣờng. Nhƣ vậy, ngoài trách nhiệm phải khôi phục lại tình trạng ban đầu đã bị thay đổi, tổ chức, cá nhân có hành vi vi phạm còn phải khắc phục hậu quả theo quy định của cơ quan QLNN về BVMT, nếu gây thiệt hại cho ngƣời khác thì phải bồi thƣờng.
Nhƣng, thực tiễn áp dụng quy định này gặp nhiều khó khăn, do ô nhiễm môi trƣờng là sự tích tụ của các chất thải trong thời gian dài và nhiều chủ thể cùng thực hiện, ngƣời gánh chịu hậu quả này là cộng đồng dân cƣ sinh sống trong khu vực ô nhiễm, mức độ gây ra cho mỗi ngƣời là khác nhau, căn cứ để xác định thiệt hại gây ra là tƣơng đối nên khó trong áp mức bồi thƣờng thiệt hại. Quy định của pháp luật về trách nhiệm dân sự từ hành vi vi phạm pháp luật về BVMT còn chung chung, chƣa thể hiện đƣợc tính đặc thù ở những điểm sau: (1) quy định trong Bộ Luật dân sự với Luật BVMT có nội dung không rõ ràng, dẫn chiếu một cách chung chung, lòng vòng; (2) Bộ Luật dân sự và Luật BVMT thiếu những quy định cần thiết để giải quyết yêu cầu bồi thƣờng thiệt hại do hành vi vi phạm pháp luật về BVMT gây ra.
Chƣa có các quy định cụ thể để xác định tƣ cách của các bên tham gia tranh chấp, nên còn có nhiều cách hiểu khác nhau về tƣ cách chủ thể của các bên tham gia tranh chấp. Do môi trƣờng là đối tƣợng khai thác, sử dụng của rất nhiều ngƣời, vì vậy trên thực tế có những thiệt hại về môi trƣờng có thể do sự tác động đồng thời của nhiều ngƣời (nhiều ngƣời gây thiệt hại). Ngƣợc lại, cùng một lúc có rất nhiều ngƣời chịu ảnh hƣởng bởi chất lƣợng môi trƣờng bị
ô nhiễm, suy thoái (nhiều ngƣời bị hại). Rất khó xác định đƣợc ngay số lƣợng ngƣời có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan trong các bên, trong khi yêu cầu cơ bản để có thể phục hồi đƣợc quyền lợi hợp pháp của ngƣời bị hại là phải xác định đƣợc một cách chính xác bên nguyên bị hại (căn cứ vào quyền sở hữu của ngƣời đó đối với đối với khối tài sản bị thiệt hại) và khó xác định ngƣời đại diện trong các vụ việc xảy ra.
Chƣa có các quy định đặc thù về quy trình và thủ tục giải quyết tranh chấp đòi bồi thƣờng thiệt hại, quyền hạn và chức năng của các cơ quan có liên quan, cách thức tính toán giá trị các thiệt hại về môi trƣờng, cách thức phục hồi các thiệt hại về môi trƣờng bị tổn thất... làm căn cứ pháp lý để giải quyết các tranh chấp cụ thể về môi trƣờng.