Thứ nhất, công tác điều chỉnh quy hoạch sử dụng đất và lập kế hoạch sử dụng đất triển khai chậm; Việc xác định giá đất cụ thể tại các địa phương còn thiếu sự liên kết, thống nhất dẫn đến giá đất tại khu vực các vùng giáp ranh giữa các địa phương còn chênh lệch.
Công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng vẫn còn chậm gây ảnh hưởng không nhỏ đến tiến độ thực hiện của các công trình, dự án. Người dân vẫn còn khiếu nại về giá trị đền bù do giá bồi thường, hỗ trợ khi nhà nước thu hồi đất vẫn còn thấp, chưa bằng giá thị trường, việc chuyển đổi nghề nghiệp cho người có đất nông nghiệp bị thu hồi chưa được quan tâm giải quyết.
Mặc dù UBND tỉnh đã ban hành nhiều văn bản chỉ đạo, UBND thị xã đã thành lập tổ công tác liên ngành về kiểm tra, xử lý việc khai thác, kinh doanh cát trái phép trên địa bàn, nhưng tình trạng khai thác khoáng sản cát trái phép còn diễn ra tại một số tuyến sông, nguyên dân do hoạt động khai thác cát trái phép chủ yếu vào ban đêm, ở những khu vực giáp ranh giữa các huyện khó kiểm soát, ngoài ra có một số đơn vị có mỏ khoáng sản đã hết thời hạn khai thác nhưng chưa thực hiện công tác cải tạo, phục hồi môi trường, đất đai sau khai thác.
Việc xây dựng, quản lý và thực hiện quy hoạch bảo vệ tài nguyên và môi trường đối với chất thải rắn sinh hoạt chưa tốt; Quy định quản lý chất thải rắn trên địa bàn tỉnh chưa được ban hành; Nhiều địa phương chưa hoàn thành Đề án thu gom, vận chuyển, xử lý chất thải rắn sinh hoạt, một số địa phương ban hành nhưng chưa triển khai thực hiện. Một số cơ sở chăn nuôi hình thành trước khi có quy hoạch, không đủ điều kiện để bổ sung quy hoạch, không có hồ sơ bảo vệ tài nguyên và môi trường, các công trình bảo vệ tài nguyên và môi trường không đảm bảo nhưng chưa có giải pháp xử lý.
Thứ hai, công tác kiểm tra, giám sát chuyên môn của thị xã đối với cấp xã còn hạn chế. Sự phối hợp giữa Sở và chính quyền địa phương chưa thật sự đồng bộ, kịp thời.
Công tác kiểm tra giám sát các khu kinh tế, khu công nghiệp, cụm công nghiệp, làng nghề còn hạn chế. Công tác xã hội hóa hoạt động bảo vệ môi trường và quản lý tài nguyên chưa thực sự hiệu quả, chưa huy động được sức mạnh của toàn dân tham gia bảo vệ môi trường; Ý thức bảo vệ môi trường vẫn chưa trở thành thói quen, nếp sống của đa số dân cư.
Hệ thống pháp luật về bảo vệ môi trường tuy đã được hình thành về cơ bản nhưng vẫn còn nhiều bất cập, nhiều quy định còn chung chung, mới mang tính nguyên tắc. Còn thiếu hoặc đã có quy định nhưng chưa đầy đủ về bảo vệ môi trường đất, nước, không khí, về tái chế chất thải, về khắc phục ô nhiễm, cải tạo, phục hồi môi trường, về tiêu dùng bền vững. Chưa tạo ra hành lang pháp lý và môi trường thuận lợi để khuyến khích phát triển ngành công nghiệp, dịch vụ môi trường và sản phẩm thân thiện với môi trường. Thiếu các cơ chế về bồi thường thiệt hại do ô nhiễm môi trường gây ra, giải quyết tranh chấp, xung đột về môi trường. Mặc dù đã có các quy định về tội phạm môi trường trong Bộ luật Hình sự nhưng chưa đầy đủ và cụ thể nên khó thực hiện trên thực tế.
Cơ chế, chính sách bảo vệ môi trường chậm đổi mới, chưa đồng bộ với thể chế thị trường. Các loại thuế, phí về môi trường mới chỉ bước đầu tạo nguồn thu cho ngân sách mà chưa phát huy được vai trò công cụ kinh tế điều tiết vĩ mô, hạn chế gây ô nhiễm môi trường, thúc đẩy các hoạt động kinh tế - xã hội theo hướng hài hòa với thiên nhiên, thân thiện với môi trường và phát triển bền vững.
Thứ ba, đội ngũ cán bộ làm công tác QLNN về TN&MT thiếu về số lượng, yếu về chất lượng, chưa theo kịp các yêu cầu mới đặt ra. Cụ thể, một
số nhiệm vụ có theo quy định tại Thông tư liên tịch số 50/2014/TTLT- BTNMT-BNV ngày 28 tháng 8 năm 2014 của Bộ TN&MT, Bộ nội vụ hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của sở TN&MT như: tham mưu như tham gia tiếp nhận, xử lý thông tin về sinh vật biến đổi gen và sản phẩm hàng hóa có nguồn gốc từ sinh vật biến đổi gen, tham gia tổ chức thực hiện các kế hoạch, chương trình bảo tồn và phát triển bền vững các hệ sinh thái, loài và nguồn gen... Do lĩnh vực này ngành TN&MT Hương Thủy không có chuyên môn nên gặp khó khăn trong công tác phối hợp, đánh giá và tổ chức thực hiện. Đội ngũ công chức địa chính - xây dựng các xã, phường chỉ tập trung công tác đất đai và xây dựng, còn công tác quản lý về môi trường, khoáng sản, biến đổi khí hậu, tài nguyên nước hầu như chưa được chú trọng, đồng thời cán bộ cấp xã hầu hết có chuyên môn về lĩnh vực đất đai và xây dựng, không có chuyên môn về môi trường, khoáng sản nên gặp khó khăn trong công tác tham mưu quản lý các lĩnh vực trên.
Ô nhiễm ở các làng nghề, cụm công nghiệp tồn tại từ rất lâu nhưng chưa có biện pháp khắc phục và giải quyết hiệu quả. Một số kết quả đạt được còn mang tính cục bộ, thiếu bền vững và chưa được nhân rộng. Quản lý chất thải rắn còn nhiều hạn chế. Hầu hết chất thải rắn sinh hoạt ở đô thị và nông thôn chưa được phân loại tại nguồn.
Thứ tư, công tác quản lý đất công ích tại các xã, phường qua các thời kỳ nhìn chung chưa được chú trọng, công tác quản lý còn lỏng lẻo, diện tích đất công ích từ trước đến nay hầu hết chưa đưa vào đăng ký quản lý theo quy định nên chưa xác định cụ thể ngoài thực địa, vẫn còn tình trạng người dân chiếm dụng sử dụng, nhiều diện tích không lập thủ tục thuê đất với cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo quy định của pháp luật, dẫn đến tình trạng khó quản lý, đất công ích bị lấn, chiếm và sử dụng không đúng mục đích.
Công tác cho thuê đất công ích một số đơn vị vẫn chưa đảm bảo về mặt thủ tục và thẩm quyền, một số xã, phường cho hộ gia đình, cá nhân và Hợp tác xã thuê đất nhưng không có hợp đồng hoặc có hợp đồng nhưng hợp đồng lập không đảm bảo theo quy định về thẩm quyền cho thuê, vị trí, diện tích, thời gian thuê... Một số xã, phường không trực tiếp quản lý đất công ích mà giao lại cho Hợp tác xã quản lý để cho hộ gia đình thuê lại để thu ngân sách không đảm bảo theo quy định. Đến nay việc thu hồi diện tích đất công ích để đưa vào quản lý gặp khó khăn, nhiều thửa đất công ích đến nay chưa xác định được đối tượng đang quản lý, đặc biệt là các đối tượng ở địa phương khác đến mượn đất để sản xuất. Bên cạnh đó, một số diện tích đất công ích kém hiệu quả nên hiện nay đang bị bỏ hoang không ai sử dụng, nhưng chưa được quản lý chặt chẽ đã để một số hộ gia đình, cá nhân lấn, chiếm sử dụng.