Để triển khai thực hiện tự chủ tài chính theo Nghị định 16, Bộ sớm ban hành Nghị định 16 cho ngành giáo dục đào tạo đến nay đã 2 năm chưa ban hành. Đặc biệt kiến nghị sửa đổi cơ chế, chính sách như: nội dung tự chủ đối
với các trường đại học nhìn chung chưa triệt để, chưa đồng bộ gây khó khăn cho việc thực hiện tự chủ cho các đơn vị. Bộ giao quyền quản lý về tổ chức, cán bộ và tài chính cho các đơn vị như đã đề ra trong Chiến lược phát triển giáo dục 2011 – 2020. Mặt khác, cần có chính sách đồng bộ giữa việc tăng lương với tinh giảm biên chế hành chính và giải quyết lao động dôi dư trong lĩnh vực giáo dục – đào tạo, đặc biệt chính sách đối với nhà giáo.
Bộ giáo dục nghiên cứu, thay đổi quy định giao chỉ tiêu tuyển sinh cao học, đại học, cao đẳng…để trường có quyền tự chủ trong việc xác định chỉ tiêu cho phù hợp với yêu cầu của xã hội, năng lực đào tạo và nguồn lực tài chính của trường. Việc tuyển sinh trường sẽ do Học viện căn cứ vào thực trạng cơ sở vật chất, số lượng, chất lượng giáo viên và khả năng tài chính để xác định cho phù hợp. Nhà nước thay việc giao chỉ tiêu tuyển sinh như hiện nay bằng việc quy định các chỉ tiêu tuyển sinh đảm bảo yêu cầu chất lượng, thực hiện thống nhất giữa các trường.
Bộ Giáo dục và đào tạo cần nâng cao tính tự chủ hơn nữa cho các trường đại học cả về tài chính, về học thuật (lựa chọn các chương trình đào tạo mới) và về cơ cấu tổ chức và nhân sự (thành lập cơ cấu tổ chức phù hợp và quyền tuyển chọn cán bộ).
Bộ Giáo dục và đào tạo cần tạo điều kiện, hỗ trợ cho các trường đại học trong việc liên kết đào tạo với nước ngoài, trong việc gửi cán bộ ra nước ngoài học tập nâng cao trình độ theo ngân sách Nhà nước cấp. Công khai hoá các chủ trương, chính sách, quy trình, chỉ tiêu để khuyến khích và thu hút đầu tư quốc tế giáo dục – đào tạo. Cho phép thành lập các cơ sở giáo dục – đào tạo 100% vốn nước ngoài ở Việt Nam, mở rộng liên kết đào tạo giữa các cơ sở đào tạo trong nước với các tổ chức nước ngoài. Đơn giản hoá các thủ tục đầu tư, phê duyệt dự án; thực hiện nhất quán chính sách miễn thuế giảm thuế với
và hoạt động của văn phòng đại diện giáo dục nước ngoài ở Việt Nam. Xây dựng kế hoạch hợp tác quốc tế về giáo dục thông qua chương trình, dự án hợp tác dài hạn, trung hạn để thu hút đầu tư. Giao quyền tự chủ cho các trường trong quan hệ hợp tác quốc tế. Tận dụng các nguồn viện trợ thông qua các chương trình hợp tác song phương và đa phương với các nước, các tổ chức quốc tế và các tổ chức phi chính phủ để tăng cường đầu tư cho giáo dục đại học, Mở rộng việc vay vốn của ngân hàng của các tổ chức quốc tế và các nước để đầu tư cho giáo dục, dành những khoản vay ưu đãi đầu tư cho các chương trình, mục tiêu chiến lược.