Mặc dù đạt được kết quả bước đầu, tuy nhiên công tác quản lý nhà nước về xây dựng NTM ở huyện Cẩm Xuyên còn có những tồn tại hạn, chế. Cụ thể:
- Chất lượng quy hoạch và đề án xây dựng NTM, đề án phát triển sản xuất của một số xã còn thấp. Công tác cắm mốc quy hoạch và công bố quy hoạch đã triển khai nhưng chưa được đảm bảo theo yêu cầu.
- Doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn, nhất là doanh nghiệp phát triển liên kết sản xuất còn ít, liên kết quy mô vừa và nhỏ gặp nhiều khó khăn; chưa phát triển đa dạng các loại hình liên kết; hiệu quả hoạt động của HTX, THT nhìn chung còn thấp, chưa thể hiện rõ nét vai trò hỗ trợ phát triển kinh tế hộ.
- Đời sống của cư dân nông thôn nhìn chung còn ở mức thấp; chênh lệch thu nhập giữa các vùng lợi thế ngày càng rõ nét. Ở nhiều địa phương, vai trò chủ thể của người nông dân chưa thực sự được phát huy; các chủ trương, cơ chế, chính sách trong xây dựng nông thôn mới chưa được thông tin, cập nhật đầy đủ cho người dân, chưa thực sự thể hiện vai trò dẫn dắt, kích hoạt, hỗ trợ các hộ nông dân đầu tư phát triển sản xuất.
- Kết quả xây dựng nông thôn mới không đồng đều giữa các xã có điều kiện tương đồng, chất lượng đạt chuẩn một số tiêu chí còn thiếu bền vững. Các tiêu chí về hạ tầng thiết yếu đạt được còn ở mức thấp, như: giao thông, thủy lợi, cơ sở vật chất văn hóa, môi trường.
- Các thiết chế văn hóa cộng đồng nông thôn còn nhiều khó khăn; việc phát huy các giá trị văn hóa truyền thống, hình thành văn hóa ứng xử trong cộng đồng NTM văn minh chưa rõ nét.
- An ninh trật tự nông thôn còn nhiều tiềm ẩn về các tệ nạn xã hội, an toàn giao thông, ý thức chấp hành pháp luật.
- Sự vào cuộc của nhân dân trong xây dựng nông thôn mới ở một số địa phương, thôn xóm chưa mạnh mẽ, còn có tư tưởng trông chờ, ỷ lại sự hỗ trợ, đầu tư của nhà nước.
- Một số xã đánh giá thực trạng, mức độ đạt chuẩn, xây dựng khung kế hoạch, lộ trình và cân đối nguồn lực thực hiện các tiêu chí chưa sát điều kiện thực tế và khả năng của địa phương; một số tiêu chí đánh giá đạt nhưng tính bền vững không cao.