Tự chủ tài chính phụ thuộc rất nhiều vào nguồn tài chính được cung cấp và thái độ của nhà tài trợ về việc sử dụng nguồn tài chính đó. Ở hầu hết các nước, nguồn tài chính lớn nhất cho hoạt động của các trường đại học được chính phủ cấp trực tiếp hay gián tiếp. Các nguồn tài chính này dùng cho xây dựng trường sở, mua sắm thiết bị, chi phí thường xuyên và nghiên cứu khoa học. Ngoài ra, học phí, hợp đồng cung cấp dịch vụ, các khoản vay và thu phí khác cũng là nguồn thu lớn của các trường đại học.
Tự chủ về tài chính bao gồm tự chủ về các nguồn thu, chi. Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2006 của Chính phủ đã nói đến việc giao quyền
tự chủ tài chính cho các “đơn vị sự nghiệp dịch vụ công”, trong đó có các trường đại học. Bước đầu có sự chủ động về tự chủ tài chính, nhưng mới chỉ được tự chủở mức độ rất hạn chế, phần thu vẫn còn nhiều trói buộc, nhất là về học phí. Hiện nay, học phí là vấn đề bức xúc với các trường. Học phí của nước ta quá thấp, chậm thay đổi, với mức học phí hiện tại thì không thể bù đắp chi phí để các trường đào tạo có chất lượng. Học phí phải đủ bù chi phí đào tạo. Các trường sẽ phải cạnh tranh về mức học phí trong tương quan với chất lượng đào tạo để thu hút sinh viên. Mức học phí do các trường tự quyết định. Tự chủ trong việc huy động các nguồn tài chính hợp pháp (vay của tổ chức và các nhân, nhận tài trợ, viện trợ,…)
Nguồn tài chính cho giáo dục đại học xét ở cấp độ vĩ mô (toàn bộ nền kinh tế là khoản thu nhập dưới các hình thái giá trị khác nhau trong quá trình tạo lập các quỹ nhằm mục đích phục vụ cho hoạt động giáo dục đại học ở mỗi quốc gia. Nguồn kinh phí giúp các trường trong việc chi tiêu nội bộ như:
- Chi thường xuyên của đào tạo: cho lương của cán bộ, giảng viên, chi phí quản lý, chi hoạt động nghiệp vụ, chi cung ứng dịch vụ, chi đầu tư phát triển…
- Chi mua sắm và sửa chữa thiết bị: mua sắm, sửa chữa các thiết bị, phòng học, duy tu bảo dưỡng…
- Chi cho các hoạt động nghiên cứu khoa học: nghiên cứu khoa học, tổ chức hội thảo…
- Chi đào tạo liên kết: Ở một số trường có các hoạt động liên kết với các trường đại học khác trong cả nước hoạt một số các trường đại học quốc tế.