ĐHQGHN được thành lập trên cơ sở sắp xếp lại 3 trường đại học lớn ở Hà Nội: Trường Đại học Tổng hợp Hà Nội; Trường Đại học Sư phạm Hà Nội và Trường Đại học Sư phạm ngoại Ngữ (theo nghị định 97/CP ngày 10/12/1993 của Thủ tướng Chính phủ). Là cơ sở giáo dục đại học công lập bao gồm tổ hợp các trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên thuộc các lĩnh vực chuyên môn khác nhau, tổ chức theo hai cấp để đào tạo các trình độ đại học, thạc sĩ, tiến sĩ; là trung tâm đào tạo, nghiên cứu khoa học và công nghệ có cơ cấu đa ngành, đa lĩnh vực, chất lượng cao, trong đó tập trung vào lĩnh vực khoa học, công nghệ cao và một số lĩnh vực kinh tế - xã hội mũi nhọn. Hiện nay ĐHQGHN cùng với Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh có vị trí, chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức theo quy định của ghị định số 186/2013/NĐ-CP ngày 17/11/2013 của Chính phủ về Đại học quốc gia và được tổ chức và hoạt động theo Quyết định số 26/2014/QĐ-TTg ngày 26/3/2014 của Thủ tướng chính phủ.
ĐHQGHN có cơ cấu tổ chức đặc biệt (so với các trường đại học khác ở Việt Nam) gồm 3 cấp quản lý hành chính:
- ĐHQGHN là đầu mối được giao các chỉ tiêu kế hoạch Nhà nước hàng năm, có tư cách pháp nhân, có con dấu mang hình quốc huy.
- Các trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên; các khoa trực thuộc; các trung tâm nghiên cứu khoa học và công nghệ; các tổ chức phục vụ đào tạo, nghiên cứu khoa học và triển khai ứng dụng; cơ sở sản xuất, kinh doanh, dịch vụ; bệnh viện, nhà xuất bản, tạp chí khoa học trực thuộc ĐHQGHN là các đơn vị cơ sở có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng.
- Các khoa, phòng nghiên cứu và tương đương thuộc trường đại học, viện nghiên cứu khoa học thành viên và các đơn vị trực thuộc ĐHQGHN.
Hiện nay, hệ thống tổ chức của ĐHQGHN sau khi được điều chỉnh, sắp xếp lại bao gồm: Cơ quan ĐHQGHN tham mưu, giúp việc cho Ban Giám đốc ĐHQGHN (Văn phòng, 08 Ban chức năng và Khối Văn phòng Đảng - đoàn thể) và 34 đơn vị thành viên và đơn vị trực thuộc, trong đó:
Đơn vị đào tạo (14 đơn vị): Trường ĐH Khoa học Tự nhiên, Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, Trường ĐH Ngoại ngữ, Trường ĐH Công nghệ, Trường ĐH Kinh tế, Trường ĐH Giáo dục, Truờng Đại học Việt Nhật, Khoa Luật, Khoa Quốc tế, Khoa Quản trị và kinh doanh, Khoa Các khoa học liên ngành, Khoa Y Dược, Trung tâm Giáo dục Quốc phòng - An ninh, Trung tâm Giáo dục Thể chất và Thể thao.
Đơn vị nghiên cứu khoa học và công nghệ (7 đơn vị): Viện Quốc tế Pháp ngữ, Viện Công nghệ Thông tin, Viện Việt Nam học và Khoa học phát triển, Viện Vi sinh vật và Công nghệ sinh học, Viện Đảm bảo chất lượng giáo dục, Viện Tài nguyên và Môi trường, Viện Trần Nhân Tông.
Đơn vị phục vụ (13 đơn vị): Nhà Xuất bản ĐHQGHN, Tạp chí Khoa học, Trung tâm Hỗ trợ sinh viên, Trung tâm Thông tin Thư viện, Ban Quản lý các dự án, Trung tâm Dự báo và Phát triển nguồn nhân lực, Trung tâm Kiểm định chất luợng giáo dục, Trung tâm Khảo thí ĐHQGHN, Ban Quản lý Dự án trường Đại học Việt Nhật, Trung tâm Chuyển giao tri thức và Hỗ trợ khởi
nghiệp, Trung tâm Phát triển ĐHQGHN tại Hòa Lạc, Bệnh viện Đại học Quốc gia Hà Nội, Ban QLDA Đầu tư Xây dựng ĐHQGHN tại Hòa Lạc.