Yếu tố pháp lý ảnh hưởng lớn, trực tiếp đến tổ chức thực hiện pháp luật về quản lý dự án đầu tư từ nguồn NSNN. Thực chất thể chế cũng đã bao gồm các quy định, quy tắc do nhà nước ban hành để điều chỉnh các quan hệ xã hội phát sinh trong lĩnh vực đầu tư, có thể khái quát thành các nội dung cơ bản sau:
Thứ nhất, các nguyên tắc pháp lý cơ bản của tổ chức thực hiện pháp luật về quản lý dự án đầu tư từ nguồn NSNN. Đây là những quan điểm, định hướng cho hoạt động đầu tư từ NSNN từ khi có chủ trương, quyết định đầu tư, tổ chức thực hiện và kiểm soát đầu tư. Ở Việt Nam, Đảng, Nhà nước xác định hoạt động sử dụng NSNN phải tuân thủ các quy định của pháp luật về quản lý và sử dụng vốn đầu tư. Đầu tư từ NSNN phải phù hợp với chiến lược phát triển kinh tế - xã hội, kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội 05 năm của đất nước và quy hoạch có liên quan theo quy định của pháp luật về quy hoạch.
Bên cạnh đó, cần thực hiện đúng trách nhiệm và quyền hạn của cơ quan quản lý, tổ chức, cá nhân liên quan đến quản lý và sử dụng vốn NSNN; quản lý việc sử dụng vốn NSNN theo đúng quy định đối với từng nguồn vốn; bảo đảm đầu tư tập trung, đồng bộ, chất lượng, tiết kiệm, hiệu quả và khả năng cân đối nguồn lực; không để thất thoát, lãng phí. Đặc biệt, bảo đảm công khai, minh bạch trong hoạt động đầu tư từ NSNN.
Thứ hai, pháp luật về tổ chức bộ máy quản lý dự án đầu tư từ NSNN. Hệ thống pháp luật về tổ chức bộ máy quản lý đầu tư bao gồm các cơ quan quyền lực nhà nước, cơ quan hành chính nhà nước và các cơ quan ở địa phương. Pháp luật sẽ xác định vị trí, chức năng; nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ máy. Nếu hệ thống pháp luật về tổ chức hoàn thiện góp phần quan trọng hoàn thiện thể chế và tổ chức thực hiện pháp luật về quản lý dự án đầu tư từ nguồn NSNN hiệu quả và ngược lại.
Thứ ba, pháp luật về chủ trương, quyết định, triển khai tổ chức thực hiện pháp luật về quản lý dự án đầu tư từ nguồn NSNN. Đây là các quy định tác động trực tiếp đến hoạt động đầu tư từ NSNN. Việc quy định chủ trương đầu tư, quyết định đầu tư không được phân cấp thuận lợi, Quốc hội quyết định sẽ khó tạo sự linh hoạt, năng động cho Chính phủ trong quản lý kinh tế đất nước. Pháp luật về thu hút vốn, triển khai, báo cáo, đánh giá đầu tư từ NSNN nếu không được luật hóa một cách thống nhất, khoa học sẽ gây chồng chéo, khó khăn cho chủ đầu tư và các đơn vị triển khai.
Thứ tư, pháp luật về kiểm soát tổ chức thực hiện pháp luật về quản lý dự án đầu tư từ nguồn NSNN. Cơ chế pháp lý kiểm soát đầu tư từ NSNN đầy đủ, phù hợp sẽ góp phần quan trọng trong việc sử dụng nguồn vốn tiết kiệm, hiệu quả, tránh lãng phí và tham nhũng.