Với thực tế phải đối mặt với khối lượng công việc, khối lượng hồ sơ lớn và phức tạp thì thách thức đặt ra là vấn đề thiếu về số lượng cũng như yếu tố chất lượng của đội ngũ viên chức, người lao động của Chi nhánh VPĐKĐĐ các quận, huyện. Hiện nay, chỉ tiêu biên chế được giao quá ít (71 chỉ tiêu/186 lao động hiện có) so với khối lượng công việc, bộ máy hoạt động của 05 phòng chuyên môn và 07 Chi nhánh.
Chất lượng của đội ngũ cán bộ thực hiện công tác cấp GCNQSDĐ là yếu tố quan trọng ảnh hưởng đến hiệu quả công việc, đòi hỏi cán bộ thực hiện phải có trình độ tin học, ngoại ngữ đáp ứng được tiêu chuẩn. Tuy nhiên, hầu hết tình trạng người lao động hiện nay tại các Chi nhánh đa phần được đào tạo không đúng chuyên ngành quản lý đất đai. Một bộ phận viên chức lớn tuổi, tiếp cận và ứng dụng CNTT trong xử lý công việc với thao tác chậm chạp. Một bộ phận không nhỏ người lao động thuộc diện “con em trong ngành” được ưu ái trong bố trí, sắp xếp vị trí việc làm không hoặc chưa phù hợp với năng lực công tác… Mặt khác, với hạn chế về năng lực, việc nghiên cứu, áp dụng các cơ sở pháp lý chưa đúng dẫn đến nhiều sai sót trong quá trình thực hiện công tác lập, thẩm tra tính pháp lý, trình cấp GCN. Sự thoái hóa biến chất “ngầm” về phẩm chất, đạo đức của một bộ phận không nhỏ viên
chức, người lao động được giao nhiều trọng trách do thiếu nhân sự. Bên cạnh đó, chất lượng đội ngũ cán bộ địa chính cấp phường, xã còn rất yếu về năng lực. Nhiều trường hợp do chuyển từ công tác khác sang phụ trách công tác địa chính, hoặc do mới được đảm nhiệm công tác nên không nắm được tình hình quản lý, sử dụng đất tại địa phương, chưa có kỹ năng trong xử lý tình huống cũng như nghiên cứu, áp dụng các cơ sở pháp lý trong xác nhận thời điểm, nguồn gốc sử dụng đất còn hạn chế, trách nhiệm thực hiện công việc còn thấp… Chính điều đó tạo ra sự khó khăn bước đầu trong việc thực hiện nhiệm vụ chung của ngành đặt ra.
Bộ máy tổ chức của VPĐKĐĐ tuy đã ổn định, đi vào nề nếp nhưng khi xử lý vấn đề vướng mắc thuộc thẩm quyền quyết định của UBND thành phố thì hồ sơ phải được xác minh báo cáo từ Chi nhánh theo trình tự đến UBND thành phố rất tốn kém thời gian. Điều này cho thấy, hiện nay cần giao thẩm quyền giải quyết nhiều hơn cho Sở TN&MT và VPĐKĐĐ hoặc có cơ chế báo cáo phù hợp để giải quyết hạn chế này.