-Nhận thức, tư tưởng và ý thức chấp hành chính sách pháp luật của người dân nói chung và người bị thu hồi đất nói riêng vẫn chưa cao. Nhiều đối tượng khi đã
được áp dụng đầy đủ các chính sách, đã được vận động thuyết phục nhưng vẫn cố
tình chống đối, không chấp hành việc thu hồi đất cũng như phương án bồi thường thiệt hại. Mặt khác họ lại lôi kéo kích động nhân dân không chấp hành chính sách của Nhà nước, làm ảnh hưởng tới tiến độ bồi thường GPMB và thi công triển khai dự
án;
-Về công tác đăng ký kê khai, bốc mộ di dời: do dự án đặc thù chủ yếu thực hiện công tác bốc mộ di dời, số lượng mộ phải di dời lớn, thân nhân các mộở nhiều tỉnh, thành trong cả nước, việc bốc mộ mang tính tâm linh nên các thân nhân thực hiện việc bốc mộ theo phong tục, tập quán (thực hiện bốc mộ
vào các ngày tốt, thanh minh) và theo quy định về cấp phép bốc mộ, hàng năm chỉđược bốc mộ vào mùa khô (từ tháng 11 đến hết tháng 4 dương lịch) nên dự
án kéo dài.
-Ngoài ra, trong dự án có những mộđã chôn cất lâu năm nên hiện nay các thân nhân không còn thăm viếng mộ (mộ vắng chủ). Do đó, đểđẩy nhanh tiến
độ kết thúc dự án giai đoạn 1 nên cần phải chờỦy ban nhân dân Thành phố phê duyệt chủ trương thực hiện công tác bốc mộ tập trung đối với các mộ còn lại trong dự án.
-Về công tác giải quyết khiếu nại: có những mộ có nhiều thế hệ nên việc kê khai đăng ký bốc mộ gặp nhiều khó khăn dẫn đến tranh chấp trong gia tộc gây khó khăn trong công tác bốc mộ di dời của dự án.
thực hiện công tác bồi thường GPMB còn nhiều điểm không thống nhất, gây nhiều khó khăn cho việc thực hiện bồi thường GPMB. Đặc biệt trong việc xác định các đối tượng và các điều kiện được bồi thường, hỗ trợ và tái định cư.
Bên cạnh đó chính sách bồi thường thiệt hại của Nhà nước được áp dụng ở mỗi thời điểm khác nhau, không nhất quán, đặc biệt là giá bồi thường. Cụ thể là người
được bồi thường sau thường được hưởng chếđộ bồi thường cao hơn người trước, đây cũng là nguyên nhân dẫn đến người dân cố tình trì hoãn, gây khó khăn trong công tác bồi thường GPMB.