3.2.1.1 Tồn tại
- Cán bộ làm công tác kiểm tra chưa tương xứng với khối lượng doanh nghiệp hiện có trên địa bàn, theo quy định của Tổng cục Thuế thì cán bộ làm công tác thanh tra, kiểm tra thuế phải được bố trí từ 30% đến 35% trên tổng số biên chế của cơ quan thuế.
- Điều động, bố trí cán bộ từ đội thuế liên xã phường và đội hành chính nhân sự về làm công tác kiểm tra chưa phù hợp với trình độ chuyên môn nghiệp vụ, một số cán bộ thiếu tinh thần trách nhiệm trong công tác chống thất thu thuế, không tích cực khai thác nguồn thu thuế thông qua công tác kiểm tra địa bàn và nhận xét hồ sơ khai thuế, qua nhận xét hồ sơ khai thuế theo quy trình kiểm tra thuế Quyết định 528/QĐ-TCT ngày 29 tháng 5 năm 2008 của Tổng cục Trưởng Tổng cục Thuế, được áp dụng trước ngày 20 tháng 4 năm 2015, Quyết định 746/QĐ-TCT ngày 20 tháng 4 năm 2015 của Tổng cục Trưởng Tổng cục Thuế, được áp dụng từ ngày 20 tháng 5 năm 2015, thì phần lớn cán bộ kiểm tra chấp nhận theo số liệu kê khai của doanh nghiệp.
3.2.1.2 Giải pháp
Các phòng ban ở các cơ quan thuế hiện nay được tổ chức chủ yếu theo mô hình chức năng được phân công phân nhiệm rõ ràng. Để thực hiện tốt công tác chống thất thu thuế GTGT nói riêng cũng như tất cả các sắc thuế khác, các phòng ban cần có sự liên kết hỗ trợ nhau trong quá trình làm việc để giảm bớt khối lượng công việc cũng như không xảy ra hiện tượng bị lặp lại qui trình gây lãng phí nguồn lực, nâng cao năng lực làm việc.
Chú trọng tới nâng cao chuyên môn nghiệp vụ của đội ngũ cán bộ trực tiếp thực hiện ở tất cả các khâu của quy trình quản lý thu thuế GTGT để phù hợp với mô hình quản lý theo chức năng đảm bảo mỗi cán bộ công chức thuế đều có đầy đủ phẩm chất, năng lực làm việc chuyên nghiệp. Bên cạnh đó cần phân bổ, tổ chức cán bộ thuế một cách hợp lý để đạt được năng suất hiệu quả công việc cao, nâng cao sự phối hợp giữa các phòng ban trong cơ quan.