Mùa mưa ở lưu vực sông Đồng Nai và La Ngà bắt đầu từ tháng 5, song mùa lũ chính thức bắt đầu từ tháng 7, chậm hơn so với mùa mưa khoảng hai tháng chính vì vậy vào tháng 7 lượng nước trong hồ Trị An mới dâng cao. Do nằm trong lưu vực trực tiếp đón gió mùa Tây Nam, nên lượng mưa khá phong phú, lượng mưa dồi dào, hệ số dòng chảy (µ) bình quân từ 0,4 - 0,5 vào loại khá so với khu vực phía Nam và trong cả nước. Số liệu thực đo trong những năm gần đây cho thấy mô đun dòng chảy năm của hồ Trị An là 36,4 l/s/km2 [15].
Để đánh giá hàm lượng phù sa trong nước sông, người ta thường dùng độ đục đơn vị hay độ ngậm cát (kí hiệu là r, đơn vị g/m3, hay kg/m3), đặc trưng này biến đổi rất mạnh theo thời gian. Về mùa lũ, nhất là các tháng đầu mùa mưa, nước sông rất đục, độ đục đơn vị và hàm lượng phù sa rất lớn. Ngược lại, vào mùa cạn, nước xuống thấp, vận tốc dòng nước nhỏ, nước trong có nơi nhìn thấy tận đáy, độ đục rất nhỏ có khi bằng 0. Độ đục của hồ Trị An thuộc vào loại nhỏ, bình quân năm biến đổi từ 30,8 - 40 g/m3, mùa lũ từ 47,3 - 55,8 g/m3, về mùa cạn từ 12,7 - 17,5 g/m3. Theo tính toán lưu lượng phù sa lơ lửng bình quân tại hồ Trị An là 24,1 kg/s. Hồ Trị An hoàn toàn không bị xâm nhập mặn [15].
2,2 - 5,6 mg/l vào thời điểm tháng 6 - 11 năm 1988). Trong những năm gần đây cho thấy, nước hồ Trị An được coi là khá sạch, độ pH từ 6,8 - 7,3 thuộc loại trung tính, hàm lượng các ion Fe2+, Fe3+ nhỏ (từ 0,1 - 0,3 mg/l), hàm lượng SO42-, Cl- ở mức thấp, độ cứng toàn phần của nước nhỏ, hàm lượng oxygen hòa tan (DO) từ 6,5 - 7,0 mg/l, mức độ ô nhiễm hữu cơ qua chỉ số oxy hóa học (COD, KMnO4) nhỏ hơn 3 mg/l [15].
Cho đến nay, hồ Trị An đã hình thành một môi trường nước tương đối ổn định, tạo nên mối quan hệ hữu cơ từ thủy sinh vật đến các thành phần thủy hóa. Chất lượng nước hồ sau những biến động tự nhiên của sự phân rã thảm thực vật đã ổn định, đủ tiêu chuẩn cho việc cấp nước sinh hoạt, thủy lợi và thủy sản [15].