Một ngân hàng muốn hoạt động hiệu quả và đảm bảo an toàn thì công tác kiểm tra, kiểm soát là hoạt động vô cùng quan trọng trong hoạt động kinh doanh cơ chế thị trường. Một mặt nó giúp Ngân hàng phát hiện các sai phạm và sửa chữa các sai sót kịp thời, giảm thiểu được rủi ro tiềm tàng, mặt khác nâng cao ý thức trách nhiệm, đạo đức nghề nghiệp của cán bộ công nhân viên. Vì thế, phải coi trọng công tác kiểm tra, kiểm soát nhằm phát hiện ngăn ngừa kịp thời những sai sót trong việc thực hiện các quy trình nghiệp vụ, thể lệ chế độ, từ đó đưa hoạt động kinh doanh của Ngân hàng đi vào đúng luật, nề nếp.
Chi nhánh nên chủ động tăng cường số cuộc kiểm tra trong năm, nội dung kiểm tra phải toàn diện từ quyết toán niên độ năm tài chính, kiểm tra hoạt động huy động vốn, hoạt động tín dụng, kiểm tra xử lý rủi ro, kiểm tra nợ quá hạn, đảm bảo an toàn kho quỹ, kiểm tra công tác kế toán, thu chi tài
chính.... Phải xây dựng và thực hiện tốt các chương trình, kế hoạch kiểm tra theo đinh kỳ và đột xuất đối với hoạt động huy động vốn. Đồng thời phải kiên quyết chỉ đạo phúc tra, chỉnh sửa lại các sai sót ngay sau khi kiểm tra, tăng cường lực lượng và nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ kiểm tra, đặc biệt là vấn đề chuyên môn nghiệp vụ, kiến thức pháp luật, kinh nghiệm và ý thức trách nhiệm trong công tác kiểm tra.
Trong thời gian gần đây, hàng loạt các vụ án liên quan đến nhân viên Ngân hàng lợi dụng tín nhiệm, lợi dụng lòng tin của khách hàng để chiếm đoạt tài sản của khách gửi tiền tạo cho khách hàng có cái nhìn e ngại khi có ý định gửi tiền vào Ngân hàng. Để khắc phục được những điều này có thể xảy ra, Ngân hàng cần phải thường xuyên có những đợt kiểm tra đột xuất và định kỳ 3 đến 6 tháng 1 lần để có thể nhanh chóng phát hiện những sai phạm và có biện pháp xử lý, tránh ảnh hưởng đến uy tín cũng như hoạt động kinh doanh của Ngân hàng.