Các nguồn thu của Viện Kỹ thuật Công trình bao gồm:
- Các loại hợp đồng kinh tế liên quan đến hoạt động khoa học, chuyển giao công nghệ và phục vụ sản xuất do Viện Kỹ thuật Công trình ký với các chủ đầu tƣ;
- Ngân sách Nhà nƣớc cấp để thực hiện đề tài khoa học và công nghệ các loại (cấp Nhà nƣớc, cấp Bộ, cấp trƣờng…), xây dựng, biên soạn quy trình công nghệ, tiêu chuẩn và quy chuẩn kỹ thuật;
- Học phí, lệ phí của hoạt động liên kết đào tạo trong và ngƣời trƣờng kể cả liên kết đào tạo hợp tác quốc tế;
- Các khoản thu hợp tác khác
Các nguồn thu của Viện Kỹ thuật Công trình chủ yếu đến từ các công trình nghiên cứu, phát triển thực nghiệm khoa học tự nhiên và kỹ thuật, hoạt động tƣ vấn quản lý, hoạt động kiến trúc và tƣ vấn kỹ thuật có liên quan, xây dựng công trình kỹ thuật dân dụng khác, lắp đặt hệ thống xây dựng khác, giáo dục khác chƣa đƣợc phân, hoạt động chuyên môn, khoa học công nghệ khác chƣa đƣợc phân, xây dựng công trình kỹ thuật dân dụng khác, giáo dục khác.
Trong những năm gần đây, công tác nghiên cứu tƣ vấn trong các lĩnh vực nhƣ thẩm tra, kiểm định, giám sát, thiết kế các công trình thuỷ lợi, thuỷ điện và các công trình dân dụng đƣợc khai thác triệt để, đem lại nguồn thu ổn định cho Viện Kỹ thuật Công trình.
Bên cạnh việc thu đƣợc nguồn vốn ổn định thì Viện Kỹ thuật Công trình chƣa xây dựng một qui chế liên quan đến việc sử dụng nguồn thu vào việc gửi tiết kiệm để sinh lợi nhuận. Viện phát sinh sổ tiết kiệm trong trƣờng hợp chủ đầu tƣ của một công trình yêu cầu có xác nhận bão lạnh của ngân hàng để thực hiện hợp đồng kinh tế. Tuy nhiên, sau khi thực hiện việc giải toả bảo lãnh theo quy định và thời hạn của bão lãnh thì việc sử dụng và khai thác tiếp những khoản tiếp kiệm đó là không có.
Việc trích lập quỹ của mỗi công trình đã đƣợc đơn vị chủ quản là Trƣờng Đại học Thuỷ Lợi và Viện Kỹ thuật Công trình qui định cụ thể trong qui chế của đơn vị. Tuy nhiên, phạm vi nghiên cứu của đề tài có giới hạn nên không đi sâu tìm hiểu về việc trích lập quỹ của đơn vị.
Công tác quản lý tài chính của Viện Kỹ thuật Công trình đƣợc thực hiện dƣới sự chỉ đạo của Viện trƣởng và Phòng tài vụ giữ vị trí kiêm nhiệm. Phòng tài vụ có nhiệm vụ tham mƣu, tƣ vấn cho Viện trƣởng trong quản lý thống nhất hoạt động tài chính của Viện bao gồm: tham mƣu, giúp Viện trƣởng quản lý nguồn thu, đề xuất các giải pháp để tăng nguồn thu, tham gia, phối hợp với các trung tâm thuộc Viện xây dựng các chiến lƣợc, quy hoạch thực hiện các hợp đồng kinh tế. Chủ trì, phối hợp với các đơn vị
xây dựng kế hoạch tài chính dài hạn và hằng năm. Chủ trì, phối hợp nghiên cứu xây dựng cơ chế, chính sách, chế độ tài chính, hƣớng dẫn về công tác kế hoạch, tài chính, kế toán. Trình Viện trƣởng phân bổ và giao chỉ tiêu kế hoạch thu, chi, dự toán kinh phí, theo dõi, kiểm tra, giám sát đôn đốc việc thực hiện kế hoạch,thu, chi đƣợc giao của đơn vị. Tổ chức, thực hiện kế toán và báo cáo tài chính, chịu trách nhiệm tổ chức, hƣớng dẫn, thực hiện, kiểm tra, kiểm soát tài chính - kế toán và kiểm tra báo cáo tài chính của các đơn vị kế toán trực thuộc theo quy định.
Hàng năm, doanh thu của Viện chủ yếu đến từ các hợp đồng kinh tế trong lĩnh vực hoạt động. Trong đó, 40% cho tƣ vấn thẩm tra, kiểm định; 30% cho tƣ vấn giám sát, 20% cho tƣ vấn thiết kế và 10 % cho các dịch vụ khác nhƣ đào tạo ngành nghề đƣợc qui định trong giấy phép đăng ký kinh doanh.