Bên cạnh những kết quả đạt được nêu trên, hoạt động huy động vốn của VIB còn nhiều hạn chế cần phải khắc phục để có thể giảm thiểu chi phí huy động vốn nhằm tối đa hoá lợi nhuận trong kinh doanh.
Một là, cơ cấu huy động vốn chưa hợp lý.
Tỷ trọng tiền gửi thanh toán trong tổng nguồn huy động còn chiếm tỷ lệ thấp, chưa phù hợp với chiến lược ngân hàng bán lẻ. Việc phát hành giấy tờ có giá tập trung ở các TCTD chưa khai thác vốn nhàn rỗi trong dân cư. Khả năng quản lý vốn chưa hiệu quả, đặc biệt về khả năng quản lý thâm hụt và thặng dư vốn giữa các chi nhánh, phòng giao dịch, khả năng cân đối kỳ hạn giữa tiền gửi và tiền vay.
Hai là, chưa có sự phù hợp cân đối giữa nguồn vốn huy động và sử dụng nguồn vốn. Nguồn vốn huy động ngắn hạn thì dư thừa so với nhu cầu cho vay ngắn hạn trong khi đó nguồn vốn huy động trung dài hạn không đủ để cho vay trung dài hạn. Năm 2012 và 06 tháng năm 2013, nguồn huy động trung dài hạn chưa đáp ứng được 0,2% nhu cầu cho vay trung dài hạn, nếu công tác quản trị rủi ro của ngân hàng không tốt thì dễ dẫn đến rủi ro về lãi suất và tính thanh khoản của ngân hàng.
Ba là, tăng trưởng tín dụng của VIB chưa thật ổn định, mặc dù đã có chính sách vĩ mô về điều chỉnh giảm lãi suất của Ngân hàng nhà nước nhưng những biến cố trong năm như bất động sản sụt giảm, hoạt động sản xuất kinh doanh của hầu hết các doanh nghiệp gặp khó khăn trong việc tìm đầu ra cho sản phẩm, lượng hàng tồn kho cao, doanh nghiệp phải thu hẹp quy mô sản xuất. Mặt khác môi trường kinh doanh tiềm ẩn nhiều rủi ro, thông tin từ khách hàng và sổ sách kế toán còn thiếu chính xác và minh bạch gây khó khăn cho phân tích và đánh giá khách hàng để đầu tư và cho vay từ đó đã ảnh hưởng không nhỏ đến hoạt động kinh doanh của ngân hàng.