Bên cạnh những thành công thì hoạt động sản xuất và thực hiện chi phí sản xuất của Haihaco vẫn còn tồn tại một số hạn chế.
Công ty vẫn sử dụng kỹ thuật thủ công truyền thống bên cạnh máy móc hiện đại, chưa khai thác được hết nguồn lực lao động và công suất của các trang thiết bị sản xuất.
Dù công ty rất nhanh nhạy trong việc đổi mới dây chuyền sản xuất nhưng việc vẫn giữ nguyên mô hình sử dụng kỹ thuật truyền thống trong tương lai sẽ khiến chi phí sản xuất mà cụ thể là chi phí nhân công tăng. Trong bảng 3.12 “Số liệu sản lượng và lao động trong 12 quý từ quý 1 năm 2018 đến quý 4 năm 2020 của Công Ty CP Bánh kẹo Hải Hà” ở nội dung 3.4.1.1 về ước lượng hàm sản xuất, ta có thể thấy số người lao động qua từng năm không ngừng tăng lên. Cụ thể năm 2018 là 1.330 người, năm 2019 với số lượng 1525 người và năm 2020 là 1820 người. Điều này dẫn đến công ty sẽ phải chi trả thêm các khoản chi phí nhân công như tiền lương, tiền công, các khoản phụ cấp, các khoản trích theo lương…
Mặt khác, tại kết quả mô hình ước lượng hàm sản xuất cho thấy hệ số = 0,848960. Có nghĩa hàm ước lượng sản xuất phản ánh được 84,896% sự biến động của sản lượng phụ thuộc vào yếu tố số lượng lao động được thuê. Còn 15,104% chịu sự ảnh hưởng của các yếu tố bên ngoài mô hình. Mà theo quy luật cận biên giảm dần, đến một ngưỡng nào đó, việc tăng thêm yếu tố đầu vào biến đổi như số lượng lao động trong khi cố định các đầu vào khác (yếu tố vốn) sẽ làm giảm năng suất của yếu tố đầu vào vì tỷ lệ đầu vào cố định so với đầu vào biến đổi sẽ giảm dần. Với sự phụ thuộc khá chặt chẽ của sản lượng bánh kẹo vào số lao động thì công ty cũng khó mà tối đa hoá được các chi phí để gia tăng lợi nhuận.
Điều này lưu ý cho người sử dụng lao động là cần phải sử dụng lao động đảm bảo được tính chuyên môn hóa cần thiết cho mỗi công đoạn sản phẩm để đạt năng suất lao động cao.
Dù đã nâng cấp nhà xưởng nhưng tất cả nhà xưởng của Haihaco ở quy mô trung bình và chia nhỏ.
Với quy mô nhà xưởng vẫn duy trì như vậy thì việc tiếp tục thuê lao động khi năng suất lao động đã xuống thấp thì Haihaco nên cân nhắc việc mở rộng quy mô nhà xưởng, thay vì cứ tiếp tục thuê thêm lao động.
Sử dụng chưa hiệu quả đối với tiềm lực tài chính trong việc đầu tư hoạt động sản xuất.
Dựa vào bảng 3.6 “Tình hình tài chính của công ty từ 2018-2020” phần 3.1.1, ở chỉ số ROE qua các năm 2018 với 10,71%, năm 2019 với 9,47% và năm 2020 với 8,34% đều dưới 15%, ta có thể nhận định rằng, Haihaco chưa thực sự sử dụng hiệu quả nguồn vốn từ việc huy động trên thị trường chứng khoán vào hoạt động sản xuất. Điều này dẫn tới các kết quả doanh thu và lợi nhuận sau thuế trong giai đoạn 2018- 2020 có sự biến động theo xu hướng không được khả quan. Cụ thể, doanh thu vẫn tăng trưởng đều và đạt 1.471,82 tỷ đồng vào năm 2020 nhưng lợi nhuận sau thuế lại lần lượt giảm từ 42,08 tỷ đồng (năm 2018) còn 39,07 tỷ đồng (năm 2020). Lợi nhuận sau thuế càng cao thì công ty càng hoạt động ổn định, con số này cũng cho thấy một phần công ty đang kiểm soát chi phí của mình như thế nào. Lợi nhuận sau thuế là nguồn thu nhập cho các cổ đông, nếu công ty không tạo ra đủ lợi nhuận thì giá trị cổ phiếu sẽ sụt giảm. Nói đây là hạn chế bởi dựa vào kết quả này, các nhà đầu tư và các cổ đông sẽ có khả năng bán lại cổ phiếu của Haihaco với giá thấp hoặc không lựa chọn đầu tư. Nếu vậy, khả năng trong những giai đoạn tiếp theo, công ty sẽ đối mặt với rủi ro thanh khoản như các khoản chi phí phải trả (tiền lương, khoản chi phí sản xuất, kinh doanh, các khoản phải trả người bán, khoản vay và nợ thuê tài chính).