HKD hoạt động trên nhiều lĩnh vực, nhiều ngành nghề khác nhau, vì thế phải có sự phối hợp giữa các cơ quan chức năng để quản lý hiệu quả hoạt
động của HKD. Hệ thống tổ chức bộ máy quản lý HKD từ trung ương đến địa phương gồm:
- Chính phủ ban hành các Nghị định hướng dẫn chi tiết thi hành Luật của Quốc hội thông qua; các Nghị quyết về chính sách hỗ trợ và phát triển; quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các Bộ.
- Bộ Kế hoạch và Đầu tư ban hành văn bản hướng dẫn chi tiết một số vấn đề liên quan đến đăng ký DN, đăng ký HKD; quản lý Cơ sở dữ liệu quốc gia về đăng ký DN.
- Bộ Tài chính thực hiện chức năng quản lý nhà nước về ngân sách nhà nước; thuế; phí, lệ phí và thu khác của ngân sách nhà nước; quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí cung cấp thông tin, lệ phí đăng ký kinh doanh.
- Tổng cục Thuế, Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, Chi cục Thuế thực hiện nhiệm vụ quản lý thuế đối với cá nhân, HKD.
- Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương chỉ đạo, kiểm tra, thanh tra công tác quản lý nhà nước tại địa phương, định hướng phát triển kinh tế theo đặc thù của địa phương.
- Ủy ban nhân dân quận, huyện - Ủy ban nhân dân phường, xã là cơ quan hành chính thực hiện chức năng quản lý nhà nước đối với hoạt động của HKD trú đóng trên địa bàn.