Căn cứ vào hệ thống tổ chức bộ máy, chủ thể quản lý nhà nước đối với HKD được chia theo chủ thể quản lý nhà nước theo địa bàn và chủ thể quản lý nhà nước theo ngành, lĩnh vực. Cụ thể:
Sơ đồ 1.1. Chủ thể quản lý hộ kinh doanh
Quản lý Phối hợp
Nguồn: Trang thông tin điện tử Quận 1
1.6.1. Chủ thể quản lý nhà nước theo địa bàn
Ủy ban nhân dân quận, huyện thực hiện chức năng cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, kiểm tra, xử lý vi phạm hành chính, đình chỉ hoạt động và thu hồi giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh đối với HKD hoạt động trên địa bàn quận, huyện của mình. Xây dựng, quản lý và vận hành Hệ thống thông tin về đăng ký kinh doanh của HKD hoạt động trên địa bàn. Cập nhật hàng ngày vào Hệ thống thông tin về đăng ký kinh doanh của HKD các thông tin cấp, thu hồi giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc tạm ngưng hoạt động của HKD. Định kỳ tháng, quý, năm báo cáo Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, Sở Kế hoạch và Đầu tư và các Sở, ngành quản lý chuyên ngành và thông báo cho Chi cục Thuế quận, huyện, Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn về tình hình đăng ký kinh doanh cho HKD hoạt động trên địa bàn. Trực tiếp kiểm tra HKD theo nội dung trong hồ sơ đăng ký trên địa bàn. Kiểm tra hoạt động của HKD sau đăng ký thành lập và xử lý theo thẩm quyền các hành vi vi phạm trong hoạt động của HKD.
UBND huyện Chi cục thuế huyện UBND xã Đội Quản lý thị trường Hộ kinh doanh Phòng ban chuyên môn
Ủy ban nhân dân xã, phường, thị trấn tiếp nhận thông tin về đăng ký kinh doanh của HKD từ Ủy ban nhân dân quận, huyện; cập nhật, theo dõi số lượng thực tế HKD hoạt động trên địa bàn xã, phường, thị trấn. Định kỳ sáu tháng thông báo cho Ủy ban nhân dân quận, huyện danh sách các HKD không còn hoạt động tại trụ sở đăng ký. Phát hiện và báo cáo Ủy ban nhân dân quận, huyện thu hồi giấy chứng nhận đăng ký HKD thuộc các trường hợp bị thu hồi Giấy chứng nhận đăng ký HKD. Định kỳ hàng tháng, quý, năm báo cáo Ủy ban nhân dân quận, huyện kết quả xử lý vi phạm hành chính theo thẩm quyền đối với HKD hoạt động trên địa bàn xã, phường, thị trấn. Kiểm tra hoạt động của HKD sau đăng ký thành lập và xử lý theo thẩm quyền các hành vi vi phạm trong hoạt động của HKD. Báo cáo Ủy ban nhân dân quận, huyện để kịp thời chỉ đạo thực hiện trong trường hợp cần phối hợp xử lý vi phạm của HKD hoạt động trên địa bàn.
1.6.2. Chủ thể quản lý nhà nước theo ngành, lĩnh vực
HKD khi hoạt động phải tuân thủ các quy định pháp luật chuyên ngành về an ninh trật tự, thuế, vệ sinh an toàn thực phẩm,…Để quản lý những lĩnh vực này thì cần có sự phối hợp của các cơ quan hành chính nhà nước chuyên ngành. Cụ thể tại địa bàn cấp huyện về an ninh trật tự do Công an huyện quản lý, về thuế do Chi cục Thuế quản lý.