Chi nhánh NHNo & PTNT Thành phố Đà Nẵng được thành lập năm 1988 lúc bấy giờ được gọi là Ngân hàng Nông nghiệp tỉnh Quảng Nam – Đà Nẵng, Nhằm thực hiện chuyển từ cơ chế kế hoạch hóa tập trung sang cơ chế thị trường có sự điều tiết của Nhà nước, chuyển Ngân hàng một cấp sang Ngân hàng hai cấp nhằm tách riêng chức năng quản lý và chức năng kinh doanh.
Năm 1991 tại quyết định số 66/NH- QĐ, NGÀY 20/04/1991 của Thống đốc NHNN Việt Nam thành lập thêm cơ sở giao dịch III – Ngân hàng Nông Nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam tại thành phố Đà Nẵng. Lúc này trên địa bàn Đà Nẵng có 2 chi nhánh trực thuộc Ngân hàng NNo & PTNT Việt Nam với chức năng và nhiệm vụ khác nhau:
Chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp Tỉnh Quảng Nam – Đà Nẵng với nhiệm vụ kinh doanh tiền tệ trên địa bàn tỉnh Quảng Nam- Đà Nẵng, lĩnh vực chủ yếu là nông nghiệp.
Sở giao dịch III - ngân hàng NNo & PTNT Việt Nam tại Đà Nẵng làm nhiệm vụ kiểm tra việc chấp hành các chủ trương chính sách của NHNN và NHNo Việt Nam trên phạm vi 11 tỉnh Miền Trung và Tây Nguyên có nhiệm vụ quản lý và điều hòa vốn trong khu vực.
Tại quyết định số 267/QĐ – HĐQT, ngày cấp 19/10/1992 của chủ tịch Hội đồng quản trị Ngân hàng NNo & PTNT Việt Nam quyết định sáp nhập Chi nhánh NHNo Tỉnh Quảng Nam – Đà Nẵng vào sở giao dịch III- NHNo Việt Nam tại Đà Nẵng như vậy sở giao dịch III- NHNo Việt Nam tại Đà Nẵng vừa có nhiệm vụ quản lý việc chấp hành chế độ , thể lệ của NHNN và NHNo của 5 tỉnh Miền Trung từ Quảng Ngãi đến Quảng Trị , vừa trực tiếp kinh doanh tiền tệ trên địa bàn tỉnh Quảng Nam Đà Nẵng.
Năm 1999 NHNo & PTNT Việt Nam thành lập thêm một chi nhánh NHNo & PTNT tại Đà Nẵng cùng lúc có hai đơn vị thành viên trực thuộc NHNo & PTNT Việt Nam đó là Sở giao dịch III – NHNo& PTNT Việt Nam tại Đà Nẵng và NHNo& PTNT Chi nhánh TP Đà Nẵng.
Năm 2001 tại quyết định số 424/HĐQT- TCHC, ngày 26/10/2001 của Chủ tịch hội đồng quản trị NHNo & PTNT Việt Nam về việc sáp nhập Sở giao dịch III – NHNo & PTNT Việt Nam thành Chi nhánh NHNo& PTNT Chi nhánh TP Đà Nẵng và mở chi nhánh NHNo & PTNT Quận Hải Châu trực thuộc chi nhánh NHNo & PTNT TP Đà Nẵng.
Hiện nay, chi nhánh NHNo & PTNT TP Đà Nẵng có trụ sở tại 23 Phan Đình Phùng, Phường Hải Châu 1, Quận Hải Châu, Thành phố Đà Nẵng. Ngân hàng có tổng cộng 39 chi nhánh và phòng giao dịch được đặt trên 7 quận huyện của TP Đà Nẵng. Các chi nhánh và phòng giao dịch tập trung chủ yếu ở Quận Hải Châu 16 địa điểm, Quận Thanh Khê 7 địa điểm, Quận Liên Chiểu 5 địa điểm, Quận Sơn Trà 3 địa điểm, Huyện Hòa Vang 3 địa điểm.