Cơ cấu tổ chức quản trị doanh nghiệp là tổng hợp các bộ phận (đơn vị cá nhân) khác nhau có mối liên hệ và quan hệ phụ thuộc lẫn nhau được chuyên môn hóa và có trách nhiệm, quyền hạn nhất định, được bố trí theo những cấp, những khâu khác nhau nhằm đảm bảo thực hiện các chức năng quản trị và phục vụ mục đích chung đã xác định của doanh nghiệp.
Drucker, một nhà kinh tế học đã nói: “Quản lý kinh doanh không phải là nhiệm vụ thích ứng mà là một nhiệm vụ sáng tạo. Có nghĩa là tạo ra các điều kiện kinh tế và thay đổi chúng khi cần thiết hơn là thích ứng với chúng một cách ngoan ngoãn và thụ động” Như vậy, việc thiết lâp cơ cấu tổ chức có ý nghĩa rất lớn đối với nền kinh tế nói chung và của Công ty nói riêng.
Trong quá trình phát triển của công ty, cơ cấu tổ chức quản lý luôn được điều chỉnh phù hợp với yêu cầu của tổ chức sản xuất theo từng giai đoạn phát triển chung của đất nước. Hiện nay cơ cấu quản lý của công ty được tổ chức theo mô hình trực tuyến - chức năng với cấp quản lý cao nhất là giám đốc. Các Phó tổng giám đốc có nhiệm vụ giúp tổng giám đốc điều hành sản xuất, kinh doanh trên lĩnh vực do Tổng giám đốc phân công, thay thế điều hành hoạt động của công ty khi Tổng giám đốc đi vắng hoặc khi Tổng giám đốc yêu cầu. Các đơn vị trực thuộc Công ty gồm 15 phòng, 11 đơn vị sản xuất, 2 đơn vị phục vụ và đời sống
Hiện nay Cty TNHH MTV Phân đạm và Hóa chất Hà Bắc có cơ cấu tổ chức như sau: