Trong khi đĩ, giới quân đội ngày thêm bất mãn. Cuộc đảo chính hụt 11/11/1960 hay cuộc đánh bom Dinh Ðộc Lập ngày 27/2/1962 chỉ là những dấu hiệu mặt nổi của sự bất mãn sâu xa, tiềm ẩn này. Một số tướng và sĩ quan cao cấp như Dương Văn ―Big‖ Minh, Lê Văn Kim, Lê Văn Nghiêm, Phạm Văn Ðổng lúc nào cũng chờ cơ hội làm đảo chính. Ðĩ là chưa kể những Phạm Ngọc Thảo, Huỳnh Văn Trọng, Trần Kim Tuyến, Huỳnh Văn Lang, Trần Thiện Khiêm, Nguyễn Khánh, Nguyễn Văn Thiệu, v.. v...
Khơng chỉ cĩ giới quân đội bất mãn. Các tầng lớp trí thức và thị dân ngày càng thất vọng với họ Ngơ.
Khơng kém nguy hiểm là chính sách giáo phiệt. Những phần tử khơng Ki-tơ ngày thêm chống đối. Từ năm 1956, Ðại sứ/Cao ủy Pháp, Henri Hoppenot, đã nêu lên vấn đề hiềm khích giữa Phật Giáo và Ki-tơ giáo, cũng như sự tranh chấp trong nội bộ Ki-tơ giáo, nhất là giữa phe phù Ngơ Ðình Thục và phe di cư. Từ cuối năm 1954, Ðặc sứ Collins, một tín đồ Ki-tơ Roma, đã báo cáo về Oat-shinh-tân là ngày 11/12/1954, Giám Mục Lê Hữu Từ than phiền về sự thất bại của chế độ Diệm. Theo Từ, ngày Diệm mới lên cầm quyền, một niềm hy vọng lan rộng trong mọi tầng lớp dân chúng. Nhưng niềm hy vọng đĩ đã giảm mất một nửa [50%], và sự bất mãn ngày thêm gia tăng. Diệm cĩ đầu ĩc độc tài và tìm đủ cách đốn hạ bất cứ ai cĩ tài năng. Diệm cịn thiếu cương quyết, và vây bọc bởi những cố vấn xấu, phần lớn là phần tử trong gia đình. (85)
Ðại đa số nơng dân, những người cày sâu, cuốc bẫm, hai sương một nắng, cũng ngừng ủng hộ. Từ năm 1957, họ phải chịu cảnh một cổ hai trịng.
Là nạn nhân của Việt Cộng ban đêm, ban ngày họ trở thành nạn nhân của cường hào, ác bá, cùng các tệ nạn Tố Cộng, Diệt Cộng, rồi đến những kế hoạch Khu trù mật, doanh điền, ấp tân sinh, v.. v... Chính phủ Diệm cĩ phần hữu lý khi nhận định rằng nơng dân đã phải ngả theo Cộng Sản vì sợ hãi cái gọi là ―bạo lực cách mạng.‖ Nhưng khơng chỉ cĩ một yếu tố này. Một trong những lý do trực tiếp là chính phủ và quân đội thiếu khả năng hay phương tiện duy trì an ninh và bảo vệ dân chúng, kể cả những gia đình bị dồn vào Khu trù mật hay Ấp chiến lược. Khơng thiếu viên chức lợi dụng các kế hoạch quốc sách này để thu đoạt tư lợi.( 86)
Nhưng thay vì phân tích rõ ràng tình hình và tái duyệt quốc sách của mình, cũng như vấn đề nhân sự và thực hiện, để kịp thời đối phĩ, Diệm-Nhu trút trách nhiệm mọi thất bại cho sự thiếu ủng hộ của Mỹ, và cịn nghi ngờ rằng chính người Mỹ đã ―bật đèn xanh‖ cho phe chống đối. Từ đĩ, nảy sinh ra sự căng thẳng liên hệ Mỹ-Việt, và cuộc đương đầu khĩ tránh.