Bên cạnh những kết quả khả quan như trên, công tác quản lý thuế còn tồn tại một số hạn chế như sau :
a ) Hạn chế trong công tác của các cơ quan thuế, cán bộ thuế
Thứ nhất, Mét bộ phận cán bộ thuế, đặc biệt là cán bộ cấp cơ sở chưa
được đào tạo lại hoặc chưa nắm bắt kịp về kiến thức quản lý thuế mới nên bỡ ngỡ trong quá trình thực hiện. Cách nghĩ, cách làm của một số công chức, viên chức chưa theo kịp tiến độ đổi mới; chưa thấy hết tính ưu việt của mô hình tổ chức bộ máy theo chức năng với việc triển khai mạnh mẽ các ứng dụng công nghệ tin học để chuyên môn hoá công việc và liên kết hóa cỏc bộ phận của quy trình quản lý thuế, nên hiệu quả công việc đạt được chưa như mong muốn.
Thứ hai, Theo quy định của Luật QLT, chỉ có các chức danh, chuyên
viên chính, kiểm soát viên chính của cơ quan quản lý thuế mới được thực hiện thanh tra thuế. Tuy nhiên hiện nay các địa phương, số lượng chuyên viên chính, kiểm soát viên chớnh cũn ớt nờn chưa đủ lực lượng để tổ chức các đoàn thanh tra thuế.
Thứ ba, Cán bộ thuế ngại cơ chế một cửa .
Trong công tác tuyên truyền hỗ trợ người nộp thuế, các chi cục thuế trực thuộc đã cố gắng ưu tiên bố trí cán bộ thuế có năng lực, phong cách ứng xử văn minh làm việc tại bộ phận "một cửa", nhưng hầu hết đều gặp khó khăn trong bố trí nhân sự, do thiếu biên chế.
Việc chuẩn hóa dữ liệu, số liệu của doanh nghiệp để xác lập đưa vào hệ thống phục vụ phân tích, truy cập… chưa được xây dựng thống nhất; các phần mềm ứng dụng còn lỗi; ứng dụng QHS (phần mềm theo dõi nhận, trả hồ sơ thuế) chưa hoàn toàn phù hợp, nên phần lớn các chi cục thuế phải sử dụng phần mềm tự viết, hoặc phải chạy song song cả hai phần mềm, rất khó khăn cho vận hành và kết nối thông tin. Việc ứng dụng tin học hỗ trợ quá trình theo dõi nhận và trả hồ sơ chưa kết xuất theo yêu cầu, điều này gây khó khăn cho bộ phận "một cửa" khi theo dõi, đánh giá việc thi hành của bộ phận khác.
Thứ tư, Thực hiện QLT theo mô hình chức năng là phù hợp với xu hướng phát triển, trong đó kết quả chất lượng quản lý là kết quả của hệ thống chức năng, hoạt động của khâu trước phục vụ công việc tiếp theo của khâu sau. Nguyên tắc quản lý của mô hình tổ chức bộ máy theo chức năng đòi hỏi phải cú cỏc quy trình, quy chế phối hợp giữa các bộ phận, nhằm gắn kết chặt chẽ các chức năng trong quá trình thực hiện quản lý. Không chỉ thế, các quy trình, quy chế này phải thường xuyên được sửa đổi, bổ sung, hoàn thiện trong quá trình phối hợp thực hiện công việc cụ thể ở mỗi chức năng mới, từ đó chuẩn hoỏ cỏc quy trình theo hướng ứng dụng triệt để công nghệ thông tin, đảm bảo cho công tác quản lý thuế được thực hiện đồng bộ, hiệu quả. Nhưng hiện nay, cơ chế để nối kết các chức năng còn nhiều bất cập, thậm chí không ăn khớp. Công việc này triển khai còn chậm so với tiến độ triển khai Luật QLT, gây khó khăn không nhỏ cho công tác khai thác, phân tích, sử dụng thông tin phục vụ quản lý thuế.
Thứ năm, Ngoài ra, việc triển khai Luật QLT bắt buộc cơ quan thuế các
cấp phải tổ chức lại bộ máy, phân bổ lại nguồn nhân lực trong khi chưa có các quy trình quản lý mới, chưa có quy định tiêu chuẩn hoá chức danh công chức, viên chức làm việc ở các bộ phận chức năng; cơ sở hạ tầng công nghệ thông tin đã có nhiều nỗ lực nhưng cũng chưa đáp ứng được yêu cầu quản lý mới. Đây thật sự là những thách thức không nhỏ đối với ngành thuế.
Thứ sáu, Hiện nay việc thực hiện cải cách hành chính thuế ở nước ta
còn gặp nhiều khó khăn do cơ sở hạ tầng còn thấp, thiếu đồng bộ. Mặc dù ngành thuế đề ra mục tiêu thực hiện chiến lược cải cách hướng tới một mô hình thuế hiện đại, chuyên nghiệp theo các chuẩn mực quốc tế. Nhưng ngành thuế mới đưa ứng dụng CNTT (công nghệ thông tin) vào công tác đăng ký mã số thuế, xử lý tờ khai và chứng từ nộp thuế, kế toán sổ thuế, kế toán ngân sách, lập báo cáo thống kê, quản lý công việc nội bộ. Mô hình thuế hiện tại mới tự động hóa một số khõu tớnh thuế và chưa thống nhất qui trình xử lý thông tin các loại thuế.
b ) Hạn chế xuất phát từ phía người nộp thuế :
Thứ nhất, Đối với người nộp thuế, đặc biệt là các hộ kinh doanh do
kiến thức hạn chế, lại phân tán rộng trên địa bàn khác nhau nên việc tiếp cận theo phương thức quản lý thuế mới bước đầu còn nhiều khó khăn.
Thứ hai, Các doanh nghiệp trong cơ chế tự do kinh doanh nhưng chưa
được chuẩn bị tốt về mặt kỉ cương pháp luật trong việc thực hiện các chính sách của nhà nước và pháp luật, chưa chấp hành đúng những quy định của pháp luật về chế độ quản lý sử dụng hoá đơn chứng từ, hạch toán sổ sách kế toán,việc thanh toán bằng tiền mặt còn khá phổ biến...
Do điều kiện kinh tế Việt Nam chủ yếu thanh toán bằng tiền mặt nên việc nép thuế còn nhiều bất cập. Đặc biệt là việc người nép thuế (cơ sở kinh doanh) phải nhận, giữ và tự viết giấy nép tiền để nép thuế vào ngân sách nhà nước, mà giấy nép tiền được quản lý như các loại Ên chỉ thuế, nếu mất sẽ bị xử phạt hành chính. Điều này làm người nép thuế e ngại, phần nào cũng làm nản lòng người thực hiện và hạn chế cơ chế tự khai, tự nép thuế.
Thứ ba, Tình trạng nợ đọng thuÕ vẫn tiếp diễn "đến tháng 10/2007, số
tiền nợ đọng thuế từ các ngành trong hệ thống tài chính đã lên đến khoảng gần 6000 tỷ đồng (3% của tổng thu nội địa và 3% của tổng thu xuất khẩu). Tuy nhiên đây chỉ là con số thống kê chưa đầy đủ bởi ngành thuế mới chỉ kiểm tra được 60% kế hoạch năm, trong khi đó ngành hải quan cũng chưa thể nắm hết các đầu mối " Số nợ đọng thuế tháng 3 năm 2008 tăng cao so với thời điểm 31/12/2007. [6]
Thứ tư,Tình trạng vi phạm pháp luật về thuế (trốn thuế, gian lận thuế, thành lập DN để buôn bán hóa đơn, bỏ trốn khỏi địa điểm kinh doanh, sử dụng hóa đơn giả…) ngày càng nghiêm trọng, phức tạp, phổ biến và xảy ra ở tất cả các tỉnh, thành phố trong cả nước. Tội phạm mua bán, sử dụng trái phép hóa đơn có nhiều loại và xuất hiện ở hầu hết các địa phương với mức độ khác nhau, nhưng nguy hiểm và nghiêm trọng nhất vẫn là tình trạng lập DN chỉ để… mua bán hóa đơn bất hợp pháp.
Ví dụ như : Hà Nội :6 công ty TNHH buôn bán hóa đơn bất hợp pháp; 10 công ty TNHH viết bán 97 số hóa đơn sai quy định, trốn gần 2 tỷ đồng tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT [21]
Mặc dù đã phát hiện được bản chất của loại tội phạm kinh tế trên, nhưng tình trạng mua bán hóa đơn “nỳp búng” DN vẫn chưa được đẩy lùi.
Ví dụ như : Tại Hà Nội, trong 6 tháng đầu năm 2007, cơ quan chức năng đã phát hiện 1.950 DN “ma”, nhiều hơn số DN “ma” phát hiện được trong năm 2005. [22]
Thứ năm, Việc xử lý vi phạm pháp luật về thuế có nơi, cú lỳc cũn gặp
khó khăn như người nộp thuế vi phạm nhưng không để số dư tiền gửi ngân hàng nờn cỏc biện pháp cưỡng chế như trích tiền gửi tại ngân hàng không thực hiện được; hoặc tình trạng mua bán sử dụng hoá đơn bất hợp pháp vẫn còn tồn tại, thanh toán bằng tiền mặt vẫn còn phổ biến.