Thứ nhất, Pháp luật QLT ở nước ta mới được đưa vào thực tiễn áp dụng
cách đây không lâu, quá trình kiểm tra thử nghiệm còn ngắn. Hơn nữa kinh nghiệm lập pháp trong lĩnh vực thuế nói chung và lĩnh vực QLT còn nhiều hạn chế. Vì thế mà còn những bất cập trong cơ chế, chính sách là không thể tránh khỏi.
Thứ hai, Nền kinh tế mà chúng ta đang xây dựng là nền kinh tế thị
trường có sự định hướng của Nhà nước - mét mô hình kinh tế mà trước đây chưa có tiền lệ, đòi hái chúng ta phải tự tìm tòi sáng tạo. Tình hình kinh tế,xã hội còn nhiều khó khăn, cùng mét lúc Nhà nước phải tập trung đối phó và giải quyết nhiều vấn đề, vừa phát triển kinh tế vừa thu hót đầu tư lại vừa phải giải quyết những tồn tại của xã hội. Vì thế, cơ chế chính sách thuế cũng phải phù
hợp với quá trình phát triển của đất nước và những định hướng cải cách của Nhà nước và Chính phủ.
Thứ ba, Pháp luật thuế nói chung và pháp luật QLT nói riêng hình
thành và phát triển, bị chi phối rất lớn bởi yếu tố khách quan từ bên ngoài. Trong cơ chế thị trường ở nước ta, pháp luật thuế nằm trong giai đoạn hình thành, liên tục được sửa đổi, bổ sung để phù hợp với sự phát triển của kinh tế. Cùng với nó, các điều kiện về cơ sở vật chất và trình độ đội ngò cán bộ có nhiều hạn chế nên chúng ta chưa thể có được một hệ thống thuế hiện đại, toàn diện được. Vì thế, pháp luật QLT không có một điểm tựa, chuẩn mực để hình thành và phát triển.
Thứ tư, Nền kinh tế đất nước còn non trẻ, đang trong quá trình xây
dựng, cơ chế, chính sách ban hành còn thiếu tính ổn định, tính chiến lược lâu dài. Quan điểm chỉ đạo chung ở hầu hết các ngành, các lĩnh vực là vừa làm vừa rút kinh nghiệm, sau đó sẽ hoàn thiện. Vì thế, nhiều khi chính sách ban hành ra là nhằm giải quyết một số nhiệm vụ trước mắt, sau khi giải quyết xong thì chính sách đó lại trở nên lạc hậu, không còn phù hợp nữa.