Bên cạnh những kết quả tích cực đã đạt được như đã kể trên, quá trình chuyển dịch cơ cấu lao động nông thôn trong xây dựng nông thôn mới vẫn còn những hạn chế nhất định. Cụ thể là:
Thứ nhất, mặc dù tỷ trọng lao động nông lâm nghiệp và thuỷ sản trong tổng số lao động nông thôn đã giảm mạnh trong thời gian qua, song tỷ trọng của lao động nông nghiệp theo nghĩa hẹp vẫn còn quá cao, tỷ trọng lao động thuỷ sản trong tổng số lao động nông thôn mặc dù tăng song vẫn còn ở mức rất thấp, từ đó tỷ trọng của sản xuất nông nghiệp theo nghĩa hẹp trong tổng giá trị sản xuất của ngành nông, lâm nghiệp và thuỷ sản vẫn ở mức rất cao (năm 2017 chiếm 75,1%); sản xuất thuỷ sản vẫn chiếm tỷ trọng thấp (năm 2017 chiếm 24,3%) [13, tr.304, 343, 356].
Thứ hai, mặc dù trong cơ cấu lao động nông thôn của tỉnh, tỷ trọng lao động nông lâm nghiệp và thuỷ sản giảm mạnh, tỷ trọng lao động công nghiệp, dịch vụ trong tăng nhanh, song mức độ chuyên nghiệp của lao động theo ngành nghề chưa cao. Tình hình này được phản ánh rõ nét trong chuyển dịch cơ cấu hộ theo nguồn thu nhập chính. Trong những năm qua, trong cơ cấu các loại hộ có nguồn thu nhập chính từ các nhóm ngành chủ yếu có sự chuyển dịch rõ nét theo xu hướng giảm số lượng và tỷ trọng nhóm hộ có nguồn thu nhập chính từ nông, lâm nghiệp, thuỷ sản; tăng số lượng và tỷ trọng nhóm hộ có thu nhập chính từ ngành công nghiệp, xây dựng, dịch vụ. Tuy nhiên, tỷ lệ số hộ theo hoạt động sản xuất kinh doanh chính và tỷ lệ số hộ có nguồn thu nhập lớn nhất từ hoạt động sản xuất kinh doanh chính không có sự tương thích. Mặc dù vào năm 2016 tỷ lệ hộ nông, lâm nghiệp và thuỷ sản chiếm đến 40,5% tổng số hộ khu vực nông thôn, nhưng chỉ có 30,9% số hộ có nguồn thu
nhập lớn nhất từ hoạt động sản xuất nông, lâm nghiệp và thuỷ sản. Như vậy, sẽ có 9,6% số hộ thuộc ngành nông, lâm nghiệp và thuỷ sản nhưng nguồn thu nhập lớn nhất lại từ các ngành phi nông, lâm nghiệp và thuỷ sản. Ngược lại, tỷ trọng hộ công nghiệp, xây dựng và dịch vụ chiếm 46,2%, nhưng lại có 52,5% số hộ có nguồn thu nhập lớn nhất từ các hoạt động công nghiệp, xây dựng và dịch vụ. Điều đó, không những cho thấy rằng hiệu quả của hoạt động sản xuất phi nông, lâm nghiệp và thuỷ sản mang lại thu nhập cao hơn hoạt động sản xuất nông, lâm nghiệp và thuỷ sản, mà còn phản ánh tình trạng chưa chuyên nghiệp theo ngành của lực lượng lao động nông thôn [15, tr.21-22].
Thứ ba, mặc dù trong cơ cấu lao động nông thôn của tỉnh, tỷ lệ lao động đã qua đào tạo tăng nhanh, tỷ lệ lao động chưa qua đào tạo giảm nhanh, song chất lượng lao động tính theo trình độ chuyên môn kỹ thuật vẫn ở mức rất thấp. Các số liệu của Tổng điều tra nông thôn, nông nghiệp và thuỷ sản năm 2016 cho thấy, trong tổng số lao động thuộc các ngành nghề khu vực nông thôn Thái Bình thì số lao động chưa qua đào tạo chiếm tới 46,81%. Trong số lao động đã qua đào tạo thì lao động không có bằng, chứng chỉ chiếm phần lớn: tỷ lệ lao động đã qua đào tạo nhưng không có bằng, chứng chỉ chiếm đến 31,19% tổng số lao động nông thôn. Lao động có trình độ từ trung cấp nghề, trung cấp chuyên nghiệp trở lên chỉ chiếm 13,52%. Như vậy, lực lượng lao động nông thôn chủ yếu là lao động chưa qua đào tạo và lao động mới chỉ được đào tạo ở mức giản đơn đang làm việc tại khu vực nông thôn tỉnh Thái Bình, đây là một hạn chế không hề nhỏ, là thách thức mà các nhà quản lý cần có chính sách phù hợp để nâng cao chất lượng lao động một yếu tố có tầm quan trọng đặc biệt trong các giải pháp phát triển KT-XH nói chung và tăng năng suất lao động nói riêng. Bên cạnh đó, chất lượng đội ngũ cán bộ chủ chốt cấp xã vẫn còn hạn chế, năm 2016 số cán bộ chủ chốt chưa được đào tạo về trình độ chuyên môn kỹ thuật chiếm 1,8%; chưa qua lớp đào tạo về chính trị chiếm 0,5%; chưa qua lớp đào tạo về quản lý nhà nước chiếm gần 27% [15, tr.28-29].
Nếu xét theo ngành sản xuất kinh doanh thì chất lượng lao động trong nông nghiệp và thuỷ sản tỉnh Thái Bình đang ở trình độ thấp. Theo số liệu của Cục Thống kê tỉnh Thái Bình, trong tổng số lao động trong độ tuổi và trên độ tuổi hiện đang làm việc ngành trong nông, lâm nghiệp và thuỷ sản, số lao động chưa qua đào tạo gì về chuyên môn kỹ thuật chiếm đến 92%; số người có qua đào tạo nhưng không có chứng chỉ chiếm 3%, còn lại 5% tổng số người làm việc trong ngành nông, lâm nghiệp và thuỷ sản là đã qua đào tạo có chứng chỉ, và có trình độ chuyên môn kỹ thuật từ sơ cấp trở lên. Như vậy, hầu hết lực lượng lao động làm việc trong các hoạt động sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp và thuỷ sản không được đào tạo, chủ yếu vẫn là những lao động thủ công, đơn giản, làm theo kinh nghiệm và kiến thức tự học tập lẫn nhau, và tự tích luỹ nên năng suất và chất lượng hiệu quả lao động rất thấp. Đây là hạn chế có tính phổ biến của một yếu tố quan trọng trong lực lượng sản xuất là con người đối với sản xuất ngành nông, lâm nghiệp và thuỷ sản tại Thái Bình; hạn chế này nếu không được khắc phục thì khó có thể đẩy nhanh tốc độ phát triển sản xuất nông, lâm nghiệp và thuỷ sản của Thái Bình nói riêng và góp phần tăng trưởng kinh tế của Thái Bình nói chung [15, tr.37].