- Hệ thống tự động đối chiếu thông tin về mô tả hàng hóa, số lượng, mã số, trị giá tính thuế giữa tờ khai hải quan và thông tin Manifest, đồng thời đưa ra cảnh báo đối với trường hợp không trùng khớp thông tin;
- Hệ thống tự động kiểm tra các trường hợp khai báo là đối tượng miễn thuế, không chịu thuế nhưng không đáp ứng điều kiện sẽ tự động chuyển sang đối tượng chịu thuế.
- Hệ thống tự động cập nhật thuế suất theo tỷ lệ phần trăm, mức thuế tuyệt đối quy định trên một đơn vị hàng hóa dựa trên khai báo của người khai hải quan;
- Hệ thống tự động tính thuế xuất khẩu, nhập khẩu theo các phương pháp tính thuế theo tỷ lệ phần trăm, phương pháp tính thuế tuyệt đối, phương pháp tính thuế hỗn hợp, cụ thể:
+ Số tiền thuế áp dụng phương pháp tính thuế theo tỷ lệ phần trăm được xác định căn cứ vào trị giá tính thuế và thuế suất theo tỷ lệ phần trăm (%) của từng mặt hàng tại thời điểm tính thuế.
+ Số tiền thuế áp dụng phương pháp tính thuế tuyệt đối được xác định căn cứ vào lượng hàng hóa thực tế xuất khẩu, nhập khẩu và mức thuế tuyệt đối quy định trên một đơn vị hàng hóa tại thời điểm tính thuế.
+ Số tiền thuế áp dụng phương pháp tính thuế hỗn hợp được xác định là tổng số tiền thuế theo tỷ lệ phần trăm và số tiền thuế tuyệt đối.
- Hệ thống tự động tính thuế chống trợ cấp, thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá tương tự như thuế xuất khẩu, nhập khẩu.
- Hệ thống tự động tính thuế tiêu thụ đặc biệt, căn cứ tính thuế tiêu thụ đặc biệt là giá tính thuế của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và thuế suất. Số thuế tiêu thụ đặc biệt phải nộp bằng giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt nhân với thuế suất thuế tiêu thụ đặc biệt. Giá tính thuế tiêu thụ đặc biệt đối với hàng hóa nhập khẩu là giá tính thuế nhập khẩu cộng với thuế nhập khẩu. Trường hợp hàng hóa nhập khẩu được miễn, giảm thuế nhập khẩu thì giá tính thuế không bao gồm số thuế nhập khẩu được miễn, giảm. Trường hợp thuộc đối tượng không chịu thuế tiêu thụ đặc biệt thì hệ thống cho phép khai báo đối tượng không chịu thuế tiêu thụ đặc biệt.
- Hệ thống tự động tính thuế bảo vệ môi trường, số thuế bảo vệ môi trường phải nộp bằng số lượng đơn vị hàng hóa chịu thuế nhân với mức thuế tuyệt đối quy định trên một đơn vị hàng hóa (nếu có). Trường hợp thuộc đối tượng không chịu thuế bảo vệ môi trường thì hệ thống cho phép khai báo đối tượng không chịu thuế bảo vệ môi trường.
- Hệ thống tự động tính thuế giá trị gia tăng, số thuế giá trị gia tăng phải nộp bằng giá tính thuế giá trị gia tăng nhân với thuế suất thuế giá trị gia tăng. Giá tính thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa nhập khẩu là giá nhập tại cửa khẩu cộng với thuế nhập khẩu (nếu có), cộng với thuế tiêu thụ đặc biệt (nếu có) và cộng với thuế bảo vệ môi trường (nếu có). Trường hợp thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng thì hệ thống cho phép khai báo đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng.
Trường hợp hàng hóa nhập khẩu được miễn giảm thuế nhập khẩu thì giá tính thuế GTGT là giá nhập khẩu cộng với thuế nhập khẩu xác định theo mức thuế phải nộp sau khi đã được miễn, giảm.
Trường hợp không chấp nhận mức thuế suất thấp theo khai báo thì chuyển mức thuế suất cao.
- Hệ thống tự động tính số tiền thuế phải nộp của từng dòng hàng, theo từng sắc thuế, từng tờ khai.
- Hệ thống tự động lưu trữ các thông tin của tờ khai khi khai bổ sung sau thông quan.
- Hệ thống tính số tiền phí, lệ phí, phạt, Bảo lãnh (nếu có)