Bên cạnh những kết quả đạt được trong quá trình hình thành và phát triển, Công ty cũng tồn tại không ít khó khăn, hạn chế mà công ty phải cố gắng khắc phục để đạt được mục tiêu đã đề ra.
Hệ thống pháp luật Hải quan hiện hành chưa hoàn thiện, thiếu sự đồng bộ, rườm rà và chồng chéo, dẫn tới sự hoang mang, khó hiểu cho đội ngũ nhân viên công ty. Quá trình phổ biến Thông tư, Nghị định tới bộ phận doanh nghiệp và tới cán bộ nhân viên ngành Hải quan còn chưa đồng bộ, lộ trình chưa rõ ràng, khiến cả doanh nghiệp lẫn hải quan gặp không ít khó khăn trong việc hoàn thiện thủ tục hải quan theo yêu cầu mới. Điều này khiến cho hoạt động làm thủ tục hải quan ở các nơi chưa có sự thống nhất và gặp không ít bất cập, đặc biệt khi có sự chuyển khẩu hoặc các nghiệp vụ khác đòi hỏi phải làm việc với nhiều chi cục khác nhau.
Công ty có đội ngũ nhân viên còn trẻ tuổi, chưa có nhiều kinh nghiệm trong kinh doanh cũng như thực hiện thủ tục hải quan dẫn tới có nhiều lô hàng gặp phải vướng mắc do lỗi của nhân viên khai báo nhầm, khai sai... dẫn tới tiến độ làm thủ tục xuất khẩu cho lô hàng bị chậm lại, thậm chí có thể mất
thêm chi phí do bị phạt hành chính theo quy định. Ví dụ như việc quản lý dữ liệu trong quá trình khai báo, có thể gây ra nhầm lẫn, sai sót khiến cho nhân viên công ty vô tình rơi vào những lỗi vi phạm kê khai hải quan về phí CIC.
Đối với việc kiểm tra chất lượng hàng hóa, hệ thống chưa có sự kết hợp chặt chẽ giữa các ban ngành, cũng như chưa đạt được sự thống nhất. Cụ thể cơ quan kiểm định chất lượng không truyền thẳng chứng nhận kiểm định chất lượng cho cơ quan hải quan qua cổng thông tin một cửa quốc gia, mà doanh nghiệp phải trực tiếp lấy lại cơ quan kiểm định và giao cho Hải quan. Điều này gây tổn thất cho doanh nghiệp về chi phí, nhân lực thực hiện, đồng thời gây kéo dài thời gian thông quan hàng hóa.
Việc thực hiện thủ tục hải quan nơi cơ quan hải quan còn gặp vướng mắc, chưa thực sự khẩn trương nhanh chóng, làm giảm tiến độ xuất khẩu hàng hóa của công ty, chưa có sự thống nhất cao trong hệ thống quản lý hải quan ở các chi cục khác nhau khiến đôi khi giải quyết một vướng mắc ở các đơn vị hải quan cũng khác nhau, dẫn tới doanh nghiệp khá lúng túng trong quá trình xuất khẩu hàng hóa nếu gặp vướng mắc.
Hệ thống VNACCS còn một số bất cập. Đây là hệ thống được doanh nghiệp đánh giá có nhiều ưu điểm, nhưng vẫn còn tình trạng thông báo sai tình trạng nợ tờ khai, nợ thuế, lệ phí, tờ khai khó nhìn, bố cục rối, thao tác dễ bị sai, dễ nhằm lẫn; mục mã văn bản pháp quy thiếu phần cho doanh nghiệp; hệ thống chữ ký số rất phức tạp cho các lô hàng có nhiều mục hàng. Mặt hàng không được chuyển cửa khẩu khi làm TTHQ nên khó khăn cho người làm TTHQ khi phải sửa chữa, bổ sung chứng từ. Ngoài ra, sự biến động của tỷ giá ngoại tệ cũng ảnh hưởng trực tiếp tới hoạt động xuất khẩu của công ty.
CHƯƠNG 3: PHƯƠNG HƯỚNG VÀ GIẢI PHÁP TĂNG CƯỜNG THỰC HIỆN THỦ TỤC HẢI QUAN ĐỐI VỚI MẶT HÀNG GỖ XUẤT KHẨU TẠI CÔNG TY TNHH TIẾP VẬN THỰC (REAL LOGISTICS) – CHI NHÁNH HÀ NỘI