Thủ tục hải quan có các tính chất đặc trưng cơ bản sau:
Thứ nhất: Tính hành chính bắt buộc
Tính hành chính bắt buộc được hiểu: Mọi cá nhân tổ chức liên quan khi thực hiện thủ tục hải quan phải tuân thủ theo đúng quy định, hay nói cách khác là những công việc mà các bên phải làm.
Tính bắt buộc được thể hiện : Không phân biệt thân thế của người làm thủ tục hải quan, công chức hải quan thừa hành không được cắt bớt các thủ tục đã được quy định, tất cả các hàng hóa, phương tiện vận tải xuất khẩu, nhập khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh đều phải làm thủ tục hải quan; Nếu không làm thủ tục hải quan hoặc làm thủ tục hải quan không đúng, không đầy đủ theo quy định của pháp luật đều không được chấp nhận thông quan, và như vậy, hành vi xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa không thể thực hiện được. Thực hiện thủ tục hải quan chính là thực hiện quyền hành pháp trong lĩnh vực hải quan, do cơ quan hải quan và do cơ quan quản lý hành chính nhà nước thực hiện.
Thủ tục hành chính là thủ tục quy định về trình tự, về thời gian, không gian và là cách thức giải quyết công việc của cơ quan quản lý nhà nước trong mối quan hệ với các cơ quan, tổ chức và công dân.
Theo luật hải quan của EU thì: Các quy định pháp luật hải quan mang tính bắt buộc và phải được áp dụng không phụ thuộc vào thân thế của đối tượng làm thủ tục hải quan.
Thứ hai : Tính trình tự và liên tục
Một trong những tính chất cơ bản của thủ tục hải quan đó là thủ tục quy định về trình tự về thời gian, không gian những công việc phải làm. Nói đến thủ tục hải quan là phải nói đến tính trình tự của nó, bao gồm các bước thực hiện theo trình tự liên tục và không xáo trộn. Kết quả của bước trước là tiền đề, là căn cứ, là cơ sở để thực hiện bước tiếp theo. Bước sau phải là kết quả của bước trước và được thực hiện trên cơ sở của bước trước. Bước sau phải kiểm tra lại kết quả của bước trước và là sự kế tiếp của bước trước để hạn chế những sai sót trong dây chuyền làm thủ tục hải quan.
Thủ tục hải quan phải được thực hiện liên tục, không ngắt quãng các bước thủ tục để đảm bảo cho hàng hóa được thông quan nhanh nhất. Vấn đề này đã được nhiều văn bản pháp quy từ quy trình nghiệp vụ đến các văn bản không mang tính nghiệp vụ nếu như các chỉ thị, công văn quán triệt yêu cầu công chức thực hiện thủ tục một cách nhanh chóng, nhằm giảm thời gian thông quan, giảm phiền hà, chi phí cho doanh nghiệp.
Thứ ba: Tính thống nhất
Tính thống nhất của thủ tục hải quan được hiểu là sự thống nhất từ hệ thống văn bản pháp luật, cách thức xử lý các công việc thủ tục từ trung ương đến địa phương, cũng như các địa phương với nhau.
Điều này thể hiện ở các quy định về thủ tục và thực hiện thủ tục phải được thống nhất trong phạm vi cả nước, giữa các Cục Hải quan địa phương và giữa các chi cục Hải quan; không cho phép thủ tục hải quan ở nơi này khác với thủ tục hải quan ở nơi khác; tránh, hạn chế tối đa việc cùng một lô hàng, cùng một vụ việc mà mỗi đơn vị giải quyết thủ tục khác nhau.
Thứ tư : Tính công khai, minh bạch và quốc tế hóa
Để đảm bảo tính thống nhất của thủ tục hải quan, tất yếu thủ tục hải quan phải được công khai và minh bạch hóa, đó là một trong những tính chất
yêu cầu phải được thể hiện nghiêm túc. Thủ tục hải quan được quy định cụ thể trong các văn bản pháp luật và được đăng tải trên các phương tiện thông tin đại chúng, được niêm yết tại các địa điểm làm thủ tục hải quan, được thực hiện công khai, nhanh chóng, thuận tiện và theo đúng quy định của pháp luật.
Thủ tục hải quan mang tính đặc thù cao, tuy nhiên nó lại phải thực hiện đối với một tỷ lệ khá đông là các tổ chức cá nhân nước ngoài. Do vậy, yêu cầu khách quan đối với thủ tục hải quan là phải mang tính hội nhập quốc tế cao, để không chỉ các đối tượng người Việt Nam mà các đối tượng khác lần đầu thực hiện thủ tục hải quan cũng không bị quá xa lạ với các chuẩn mực quốc tế.