Bất cứ quốc gia nào đều có quy định bằng pháp luật hệ thống thủ tục hải quan đối với việc vận chuyển hàng hóa, phương tiện vận tải qua biên giới của mình.
Thủ tục hải quan được coi là căn cứ cốt lõi cho toàn bộ hoạt động của cơ quan hải quan cũng như các đối tượng khác liên quan khi phải thực hiện thủ tục đối với việc vận chuyển hàng hóa, phương tiện vận tải qua biên giới, với những quy định cụ thể về các công việc phải làm cho từng đối tượng, cho từng loại hình và cho từng loại hàng hóa, phương tiện vận tải khi vận chuyển qua biên giới. Có thể nói thủ tục hải quan là kim chỉ nam cho các bên liên quan phải thực hiện. Đồng thời nó cũng là cơ sở để các hoạt động nghiệp vụ khác của cơ quan hải quan, cơ quan quản lý nhà nước khác hoặc người khai hải quan căn cứ vào đó mà triển khai các hoạt động liên quan hoặc là căn cứ pháp lý để kiểm tra, kiểm soát việc tuân thủ pháp luật của các bên tham gia thủ tục hải quan.
Do vậy các đối tượng tham gia thực hiện các công việc của thủ tục hải quan bao gồm cả công chức hải quan và người khai hải quan nhất thiết phải nắm chắc các quy định của pháp luật về thủ tục hải quan.
Thủ tục hải quan có vai trò lớn đối với các hoạt động khác của cơ quan hải quan như:
Thứ nhất, để có thể tính thuế, thu đúng, thu đủ thì công chức hải quan nhất thiết phải căn cứ vào các thủ tục hải quan trước đó thực hiện một cách chuẩn mực, như khai báo trên tờ khai hải quan có đầy đủ chính xác hợp lệ không?
Thứ hai, để kiểm tra sau thông quan lô hàng nhất thiết phải căn cứ vào toàn bộ hồ sơ hải quan đã được làm thủ tục trước đó (có thể lô hàng đã được thông quan hàng năm trước đó).
Thứ ba, để xác định chủ hàng vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới hoặc buôn lậu, gian lận thương mại, căn cứ pháp lý là dựa vào khai báo của người khai hải quan trong quá trình làm thủ tục hải quan.
Như vậy, thủ tục hải quan có vai trò ý nghĩa to lớn trong toàn bộ hoạt động của ngành hải quan.