Những sai lầm trong quá trình đô thị hóa, mà cái chính là tác động của san lấp xây dựng nhà cửa đường sá: Vùng trũng là những hồ điều hoà tự nhiên như ở Nam Sài Gòn, các kênh rạch nội, ngoại thành bị san lấp không thương tiếc. Khu dân cư, khu đô thị, khu công nghiệp mọc lên một cách ồ ạt, trong khi hệ thống thoát nước chưa được chú ý đúng mức nên cứ mưa xuống là đường bị ngập, đường được nâng lên thì nhà ngập. Nâng nhà lên thì lại làm đường ngập. Cứ thế giải quyết chỗ ngập cũ lại tạo ra nhiều vùng ngập cục bộ mới. Nhiều nơi chìm sâu trong nước và phải 3-4 ngày nước mới rút hết. Gần đây, các chung cư cũ được phá bỏ xây chung cư mới ngay tại đó với số tầng gấp 2 đến 3 lần (10-15 tầng). Thật sự đó là một sai lầm: trên một đơn vị diện tích, dân số sẽ tăng, hạ tầng như cũ, xe cộ nhiều thì ngập lụt và kẹt xe tăng lên là điều tất yếu.
Chính vì các yếu tố này mà dẫn đến tình trạng ngập lụt tại TP.HCM ngày càng bế tắc, không một phương án nào mang lại kết quả khả thi. Ai cũng rõ là biến đổi khí hậu sẽ làm nước biển dâng nhưng người ta vẫn quy hoạch phát triển và đô thị hoá hoành tráng ra các vùng thấp như Q.7, Đông Nam và Tây Nam thành phố, cùng với các công trình đồ sộ và lấn biển.
Hướng thoát lũ chính của thành phố là từ Bắc - Tây Bắc - Đông Bắc xuống Nam - Đông Nam - Tây Nam. Từ giai đoạn 1954-1975, các chuyên gia đã yêu cầu thành phố nên tập trung hướng phát triển về vùng cao là Đông - Đông Bắc, giới hạn
phát triển về phía Nam - Nhà Bè - Cần Giờ vì vùng đất này yếu, trũng". Thực tế cho thấy, hiện nay khu đô thị Phú Mỹ Hưng ở Nam Sài Gòn tọa lạc ngay trên khu vực vùng trũng - nơi trước đây từng là những hồ tự nhiên chứa nước của thành phố. Thêm nữa, toàn bộ khu Nhà Bè, quận 7 - cửa thoát nước chính của Sài Gòn cũng đang bị đô thị hóa mạnh mẽ, mà hệ quả của nó là tình trạng san lấp kênh rạch vô tội vạ. Càng mở rộng đô thị hiện đại ở vùng Nam Sài Gòn, Bình Chánh, quận 7, Nhà Bè, tức là đang ngăn đường thoát nước của thành phố.