- Chưa chú ý đúng mức đến cốt san nền và vấn đề thoát nước; chưa kiên quyết kiểm tra xử phạt ngăn chận tình trạng san lấp lấn chiếm trái phép kênh rạch; tình hình khai thác nước ngầm chưa được kiểm soát đã gây lún sụt cục bộ tại một số khu vực, một bộ phận dân cư có hành vi xả rác vào cống, miệng thu, ...làm giảm hiệu quả thoát nước v.v...
- Bất cập trong cơ chế quản lý duy tu bảo dưỡng hạ tầng hệ thống.
- Do quy hoạch đô thị ở TP.HCM thiếu sự phối hợp đồng bộ, chưa thống nhất được cốt nền, nên hàng ngàn dự án trên địa bàn thành phố được làm theo quan điểm chủ quan về ngập lụt. Đây cũng là nguyên nhân của nạn "đào lên, lấp xuống" và tạo ra các “cung bậc” nền các công trình nhấp nhô tại TP Hồ Chí Minh gây tác động đến quá trình tiêu thoát nước. Quy hoạch đô thị không có sự kết hợp giữa ngành xây dựng với ngành cấp nước với ngành điện với ngành đường với ngành điện thoại. Cho nên, khi nhà xây xong, phải dời, đường vừa xong lại đào lên, lô cốt” cứ thế thi nhau mọc lên. Đô thị xây vào nơi đất trũng không có cách gì để chống ngập; vậy nên ngập thường xuyên là chuyện thường ngày. Hậu quả là người dân phải gánh chịu nặng nề nhất.
- Nguyên nhân chủ yếu, trước hết, đó là thiếu sự hợp tác giữa các quy hoạch ngành liên quan khác. Mà trước hết, quy họach đô thị không hợp đồng chặt chẽ với quy hoạch sử dụng tài nguyên đất và bảo vệ môi trường đất. Chưa có sự bàn thảo với cơ quan quản lý và sử dụng đất đai, cơ quan quản lý môi trường đất để thống nhất đất ở đâu sử dụng vào xây nhà, đất ở đâu làm đường. Hoặc, xây nhà máy xây ở đâu thì
không ô nhiễm môi trường đất, và xác định chợ búa, nhà dân ở trên đất nào thì hợp lý nhất, vị trí đất nào thì đắc địa nhất. Như vậy, rõ ràng các tiêu chí: Chính sách (P), môi trường (E), xã hội (S), và kỹ thuật (T) trong cụm từ PEST đã không đạt được trong quy hoạch đô thị Việt Nam. Trong đó, đáng chú ý là tiêu chí môi trường, và xã hội. Sau khi quy hoạch, đô thị xây dựng xong, thì môi trường hứng chịu mọi tai vạ: ngập nước, ngập rác, ô nhiễm không khí, đất và nước. Về tiêu chí xã hội: quy hoạch và xây dựng làm mất lòng dân chúng, người dân phải ở nơi gần ô nhiễm, phải xa nguồn sinh nhai, xa bệnh viện, không có chỗ học cho con, không có chợ chính quy, phải mua đồ ở chợ cóc. Các nét đặc thù văn hóa dân tộc, kiến trúc Việt đã không hoặc ít chú ý trong quy hoạch xây dựng đô thị… Còn tiêu chí chính trị, chính sách cũng chưa thật thỏa mãn theo đúng chính sách của Đảng và Nhà nước.
- Do hình thành nhiều con đê bao khép kín, chống ngập đất nông nghiệp thì lại dồn nước về ngập đô thị.