Trớc đây trong hệ thống phân loại virus thực vật khái niệm về loài vẫn cha hoàn thiện, áp dụng phơng án phân loại ngành, lớp, bộ, họ, chi loài không đợc thành thục. Cho nên đơn vị cơ bản phân loại virus thực vật không gọi loài mà gọi thành viên (member), gần với chi gọi là nhóm (group). Năm 1995 báo cáo ICTV lần thứ 6 chia chúng ra làm 729 loài, 47 chi, 9 họ. Dới chi ( genus) là loài ( species), bao gồm loài điển hình ( Type species) loài xác định ( Definitive species) và loài tạm định ( Tentative species).
Do tiến triển khoa học sự phát hiện các virus mới càng nhiều, tình cùng nguồn thứ tự acid nucleic phân tử, đặc tính sinh vật học của virus càng bị phát hiện dần, hệ thống phân loại càng đợc chú ý hơn. Ví dụ các thành viên tổ virus Y khoai tây rất nhiều ( đến khoảng 100) chỉ khác nhau về kết cấu và phơng thức lây lan, nên tổ virus Y khoai tây nâng lên thành họ (Potyviridae). Trong họ này có 6 chi phân theo kết cấu tổ gen và môi giới lây lan.
Ngoài ra trong quá trình nghiên cứu virus ngời ta còn phát hiện một số điểm tơng tự, nhất là những virus có cá thể nhỏ. Cho nên cần phải dựa vào sự tái tạo virus nhỏ hoặc acid nucleic. Ngời ta gọi là vệ tinh virus ( satellite), những virus dựa vào đó gọi là virus bổ trợ ( helper virus). Chúng có rất ít tính cùng nguồn và ảnh hởng đến sự sinh sản của virus; trong đó protein vỏ áo tự phiên mã gọi là virus vệ tinh, không tự phiên mã gọi là acid nucleic vệ tinh. Tuyệt đại đa số acid nucleic vệ tinh của virus thựuc vật là ARN, nên gọi là ARN vệ tinh. Một số tổ gen của ARN vệ tinh có 2 loại dạng vòng chuỗi đơn và dạng sợi chuỗi đơn, độ dài khoảng 350 nucleotid ( trớc đây gọi là tựa virus ,virusoid), có hoạt tinh enzym nucleaza. Gần đây ngời ta phát hiện một loại acid nucleic vệ tinh là phân tử ADN dạng vòng chuỗi đơn. Còn có một số tổ gen là ARN dạng vòng chuỗi đơn, trong phân tử đó xếp đôi nhau tạo thành kết cấu chuối đôi, không có vỏ áo mà dựa vào enzym tổ hợp ARN của cây chủ để tự tái tạo một loại virus gây bệnh thực vật, ngời ta gọi loại này là loại giốngvirus (viroid). Trong động vật có một loại protein xâm nhiễm gọi là prion.Để tiện cho việc phan loại tất cả chúng đợc xếp vào virus phụ (subvirus) và những loại có kết cấu nucleprotein có thể tái tạo độc lập thành virus đợc gọi là virus thật ( euvirus).
Hiện nay có một đơn vị phân loại dới loài gọi là strain, trong sản xuất có ý nghĩa quan trọng là chúng có thể phân lập đợc, nhng cha rõ các đặc trng của chúng, không thể xác định đợc vị trí phân loại và ngời ta gọi chúng là vật phân lập ( isolate).