Hình thái của vi khuẩn có hình cầu, hình que và hình xoắn . Hầu hết vi khuẩn gây bệnh cây là hình que, kích thớc khoảng 0,5-0,8x 1-3àm, nên gọi là vi khuẩn que (rod), vách tế bào vi khuẩn do polypeptid, lipid và protein tổ thành, ngoài vách tế bào có một lớp chất nhầy chủ yếu do polysacharid hình thành, tầng chất nhầy khá dày và cố dinh đó gọi là capsule. Vách tế bào vi khuẩn gây bệnh cây có một tầng nhầy không đều nhau nhng rất ít có capsule, trong vách tế bào có màng tế bào chất nửa trong suốt. Hầu hết vi khuẩn gây bệnh thực vật có lông roi ( flagellum), lông roi đợc hình thành dới màng chất tế bào, xuyên qua vách tế bào và màng nhầy đến ngoài cơ thể, gốc lông roi có một bao lông.( Hình 3.47).
Vị trí, số lợng lông roi khác nhau và là căn cứ để phân loại vi khuẩn. Vi khuẩn không có nhân cố định, chất nhân của nó tập trung ở giuã tế bào chất, hình thành một khu nhân hình bầu dục hoặc hình gần tròn, ở một số vi khuẩn còn có hạt chất ( plasmid) di truyền có kết cấu dạng vòng ở ngoài chất nhan, chúng phiên mã tính chống chịu thuốc hoặc tính gây bệnh. Trong chất nhân có chất dạng hạt nh dị lạp thể, khí bào, dịch bào và ribozom ( hình 3.48).
Một số loài vi khuẩn dạng que trong tế bào còn có bào tử nội sinh dạng bào mầm, bào mầm có khả năng đề kháng rất mạnh, vi khuẩn gây bệnh cây thờng không có bào mầm. Phản ứng nhuộm màu có tác dụng quan trong để giám định vi khuẩn, trong đó quan trọng nhất là phản ứng Gram. Hầu hết vi khuẩn gây bệnh cây có phản ứng Gram âm, một số có phản ứng Gram d- ơng.
Thể nguyên sinh thực vật không có vách tế bào, không có phản ứng Gram cũng không có lông roi và các kết cấu phụ khác. Chúng chỉ có 3 lớp màng ở mép ngoài cơ thể. Thể nguyên sinh thực vật bao gồm: Thể nguyên sinh thực vật (Phytoplasma), thể xoắn ( Spiroplasma). Hình dạng kích thớc của thể nguyên sinh thực vật thay đổi rất lớn, nh hình tròn, hình bầu dục, hình chuông, hình quả lê, kích thớc 80-1000nm ( hình 3.49). Trong tế bào có thể ribonucleic và chất acid nucleic dạng sợi. Thể dạng xoắn hình sợi hầu hết
giai đoạn chủ yếu của vòng đời là dạng xoắn, độ dài 2-4àm, đờng kính 100- 200nm.