Mùn hay các chất hữu cơ trong trầm tích bao gồm các chất mùn (axit humic, axit funvic và humin) và không mùn (cacbonhydrat, protein, peptide, amino axit, chất béo, chất sáp và các axit có trọng l−ợng phân tử thấp bị phân huỷ nhanh). Chất hữu cơ là nguồn dinh d−ỡng dự trữ quan trọng trong trầm tích cho thực vật. Các chất hữu cơ ảnh h−ởng đến tính chất hoá học của trầm tích, trong môi tr−ờng trầm tích phản ứng của các chất hữu cơ với các kim loại và các chất nhiễm bẩn gốc hữu cơ rất phức tạp (Donald L. Sparks, 1995). Mùn bã hữu cơ đ−ợc biểu thị thông qua hàm l−ợng cacbon hữu cơ (Chc) có trong trầm tích, nguồn cung cấp chủ yếu từ thực vật ngập mặn và động vật đáy vùng triều.
Trong trầm tích bề mặt vịnh Bái Tử Long hàm l−ợng Chc biến đổi trong khoảng rộng từ 0,02% đến 1,35%, trung bình 0,23% (bảng 23). Đa số các mẫu có hàm l−ợng Chc tập trung trong khoảng 0,10 - 0,35%. Số mẫu có hàm l−ợng Chc nằm ngoài khoảng 0,10 - 0,35% chỉ khoảng 1/5 tổng số mẫu của hai đợt khảo sát 2004 và 2005 của đề tài. Các mẫu có hàm l−ợng Chc thấp hơn chủ yếu là các mẫu trầm tích có thành phần cấp hạt lớn hơn 0,05 chiếm trên 80% trọng l−ợng mẫu. Trầm tích có hàm l−ợng Chc cao “đột biến” (0,62 - 1,35%) nằm trong vụng kín thuộc khu vực Vạn Cảnh - Ngọc Vừng.
Theo kết quả nghiên cứu của Đỗ Công Thung và nnk năm 2002, hàm l−ợng Chc trong trầm tích bãi triều khu vực Vạn Cảnh - Ngọc Vừng trung bình là 0,78% cao hơn hẳn so với khu vực Minh Châu - Quán Lạn (0,08% - 0,29%) và Ngọc Vừng (0,59%). Khu vực đ−ợc đánh giá là một trong 3 khu vực có tiềm năng nuôi hải sản trong vùng biển đảo đông bắc Việt Nam. Thực tế, hoạt động nuôi thuỷ sản cũng đang đ−ợc triển khai ở đây.
Trầm tích bãi triều ở một số khu vực ven các đảo t−ơng đối giầu mùn bã hữu cơ hơn so với toàn vịnh, hàm l−ợng Chc 0,91 - 1,23% (Lăng Văn Kẻn và nnk, 2004) do có nguồn cung cấp từ thực vật ngập mặn tại chỗ.
Trầm tích bề mặt vịnh Bái Tử Long phần lớn là cát trung, cát nhỏ và bột lớn (chiếm khoảng 71% tổng số mẫu phân tích của hai đợt khảo sát của đề tài), loại trầm tích bùn bột nhỏ rất ít gặp (chiếm khoảng 29%). Trầm tích rất nghèo mùn bã hữu cơ (Chc trung bình 0,23%) và mức chênh lệch hàm l−ợng mùn bã hữu cơ giữa trầm tích cát, bột lớn (Chc trung bình 0,26%) và trầm tích bùn bột nhỏ (Chc trung bình 0,38%) không lớn.