-Thứ nhất, theo chế độ kế toán thì những khoản chi phí liên quan đến việc thu mua hàng hoá, trừ tiền hàng và thuế nhập khẩu, phát sinh trước lúc nhập kho hoặc tiêu thụ trực tiếp thì phải hạch toán vào TK 1562-Chi phí thu mua hàng hoá. Đến cuối kỳ phân bổ cho hàng hoá bán ra. Những khoản chi phí lưu thông, chi phí tiếp thị và các khoản chi phí khác phát sinh trong quá trình tiêu thụ thì phải hạch toán vào TK 641-Chi phí bán hàng. Những chi phí liên quan đến hoạt động quản lý chung của doanh nghiệp thì được hạch toán vào TK 642-Chi phí quản lý doanh nghiệp.
Trên thực tế, ở công ty Thuốc lá Thanh Hóa những khoản chi phí không thuộc chi phí bán hàng vẫn được phản ánh vào TK 641 như: Chi phí vệ sinh, tạp vụ; chi phí cơm ca cán bộ công nhân viên, chi phí mua tài liệu;..Mặt khác chí bán hàng và chi phí quản lý doanh nghiệp chưa được phân bổ cho từng loại hàng, vì thế dẫn đến việc phản ánh không đúng kết quả của từng loại hàng, việc đưa ra quyết định các phương án kinh doanh sẽ kém chính xác.
-Thứ hai, trong doanh nghiệp kế toán quản trị doanh thu và xác định kết quả kinh doanh chưa thực sự phát huy được vai trò của nó. Bởi việc xây dựng công tác kế toán bán hàng và xác định kết quả bán hàng chưa tổ chức kế toán chi tiết doanh thu, kế toán chi tiết xác định kết quả kinh doanh cho từng loại mặt hàng, từng loại dịch vụ. Do đó nhà quản trị doanh nghiệp khó có thể nắm bắt kịp thời các thông tin về tình hình tiêu thụ của từng loại hàng hoá trong khoảng thời gian bất kỳ, hàng hoá nào có lợi nhuận đơn vị cao nhất để đưa ra các quyết định kinh doanh kịp thời và phù hợp.
-Thứ ba, là một doanh nghiệp thương mại chủ yếu kinh doanh mua bán thuốc lá bao các loại, một mặt hàng mà Nhà nước hạn chế tiêu thụ và cấm quảng
công ty lại không áp dụng phương thức chiết khấu thương mại cho khách hàng đã mua hàng hoá, dịch vụ với khối lượng lớn hoặc thanh toán trước thời hạn để khuyến khích khách hàng mua hàng của công ty. Đây là một hạn chế mà trong tương lai công ty cần khắc phục.