(Restriction Fragment Length Polymorphism - đa hình chiều dài ựoạn phân cắt)
Các chỉ thị RFLP ựược di truyền ựơn giản theo quy luật Mendel. Trong kỹ thuật RFLP, enzym giới hạn ựược sử dụng ựể cắt ADN genome thành nhiều mảnh ADN có chiều dài khác nhau. Qua quá trình tiến hóa, trong phạm vi trình tự nhận biết của một loại enzym giới hạn có thể xảy ra sự tái sắp xếp ADN, các ựột biến ựiểm, sự thêm hoặc mất ựoạn ADN, ựiều này tạo nên sự ựa hình giữa các cá thể và có thể phát hiện ựược những ựa hình này khi sử dụng kỹ thuật RFLP (Schlotterer và Taulz, 1992). Sau khi xử lý bằng enzym giới hạn, các ựoạn ADN ựược phân tách bằng ựiện di trên gel agarose và ựưa lên màng nilon (Southern, 1975). Những băng ựặc hiệu ựược nhận biết bằng phương pháp lai ADN với các mẫu dò ựã ựược ựánh dấu. Các mẫu dò dài khoảng 0,5-3,0 kb, ựược tổng hợp từ cADN hoặc ngân hàng ADN genome. Các chỉ thị RFLP ựược sử dụng ựầu tiên trong việc lập bản ựồ di truyền (Bostein và cs.,1980) và ựến nay vẫn ựược sử dụng rộng rãi trong nghiên cứu về genome. Là một chỉ thị ựồng trội, RFLP rất ựáng tin cậy trong phân tắch mối liên kết và chọn giống. Ưu ựiểm của phương pháp này là không những phát hiện ựược các cá thể dị hợp tử và ựồng hợp tử mà còn phân biệt ựược cá
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội - Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 24 thể ựồng hợp tử trội với cá thể ựồng hợp tử lặn. Vì thế, người ta gọi chỉ thị
này là chỉ thị ựồng trội. Tuy nhiên, chỉ thị RFLP có một số hạn chế: kỹ thuật RFLP ựòi hỏi khối lượng ADN lớn của mỗi cá thể trong mỗi thắ nghiệm (Paterson, 1996); phương pháp tốn nhiều thời gian, công sức và số lượng băng cho ựa hình thấp, ựiều này rất bất tiện khi lai giữa các loài có quan hệ gần gũi [10], [43].