Trong những năm gần ựây, sự phát triển của sinh học phân tử ựã ựạt ựược nhiều thành tựu mà sự phong phú của các chỉ thị phân tử chỉ là một trong số ựó. Chỉ thị phân tử ựã ựược ứng dụng rất hiệu quả trong nghiên cứu di truyền thực vật mà phân tắch ựa dạng di truyền và chọn giống phân tử (MAS- Marker Assisted Selection) là hai lĩnh vực thành công nhất.
Khan và cs. (2010) ựã sử dụng chỉ thị RADP ựể ựánh giá ựa dạng di truyền giữa các giống bông: 11 giống bông màu (10 giống bông thuộc loài bông G. hirsutum và 1 giống bông thuộc loài bông G. arboreum) và 5 giống bông trắng (4 giống bông thuộc loài bông G.hirsutum và 1 giống bông thuộc loài bông G.arboreum) thu thập từ các trạm nghiên cứu khác nhau của Pakistan. Trong nghiên cứu này tác giả ựã sử dụng 45 mồi RAPD, kết quả thu ựược 25 mồi cho ựa hình. Kết quả phân tắch 25 mồi nhận ựược 205 băng ADN, trong ựó có 144 băng ựa hình chiếm 70,24%. Ở hệ số tương ựồng di truyền 0,51 thì 16 giống bông chia thành 2 nhóm chắnh. Nhóm 1 gồm 2 giống bông thuộc loài bông cỏ; nhóm 2 gồm 14 giống bông thuộc loài bông luồi. Cũng theo tác giả này, khi sử dụng chỉ thị SSR ựể ựánh giá da dạng di truyền giữa các giống bông trồng ở Pakistan. Kết quả thu ựược 3,6 alen/locus. Hệ số PIC nằm trong khoảng 0,05-1,00, với giá trị trung bình 0,46. Hệ số tương
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội - Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 29 ựồng di truyền ở các giống dao ựộng trong khoảng 0,65-1 [37].
Rana và cs. (2005) cũng ựã sử dụng 26 mồi RADP ựể ựánh giá ựa dạng di truyền của 32 giống bông ựang ựược trồng ở Ấn độ: 7 giống bông thuộc loài bông cỏ và 25 giống bông thuộc loài bông luồi. Kết quả phân tắch ựã thu ựược 401 băng ADN với trung bình 15,4 băng/mồi, trong ựó có 272 băng ựa hình, chiếm 67,83%. Các giống bông nghiên cứu chia làm 2 nhóm: nhóm 1 gồm 25 giống bông luồi và nhóm 2 gồm 7 giống bông cỏ [48].
Trong nghiên cứu của mình, Lukonge và cs. (2007) ựã sử dụng chỉ thị AFLP ựể ựánh giá ựa dạng di truyền các giống bông và nhận thấy hệ số tương ựồng giữa các giống bông luồi cao 0,89-0,97, giá trị PIC thay ựổi từ 0,37 - 0,57 [39].
Sử dụng ựồng thời các chỉ thị RAPD, ISSR, AFLP, Sharaf và cs. (2009) ựã ựánh giá ựa dạng di truyền của 7 giống bông: 4 giống thuộc loài bông luồi (1 giống bông ựược trồng ở Mỹ, 3 giống bông Ai Cập) và 3 giống thuộc loài bông hải ựảo ựược trồng ở Sy-ri. Kết quả phân tắch thu ựược về số băng ADN tương ứng là 110; 70 và 576. Số băng ựa hình thu ựược bởi các chỉ thị RADP, ISSR và AFLP tương ứng 79 (71,81%), 62 (88,57%) và 291 (50,52%). Ma trận tương ựồng giữa 7 giống bông ựã ựược tắnh toán thông qua hệ số Dice. Kết quả về ựộ tương ựồng di truyền khá cao tương ứng là 64,8- 93,2%, 29,4-87%, 79,4-87,9% và 76-86%. Dựa vào sơ ựồ hình cây, 7 giống bông chia làm hai nhóm chắnh: nhóm 1 gồm 4 giống thuộc loài bông luồi, nhóm 2 gồm 3 giống thuộc loài bông hải ựảo [58].
Trước ựó, Hussein và cs. (2007) ựã ựánh giá ựa dạng di truyền 11 giống bông dựa vào các chỉ thị RAPD, SSR, EST và AFLP, kết quả thu ựược về hệ số tương ựồng di truyền giữa các giống tương ứng là 0,638-0,959, 0,138- 0,981, 0,704-0,985, 0,137-0,993 và 0,782-0,98. Các giống bông chia thành hai nhóm chắnh: nhóm 1 bao gồm 8 giống bông hải ựảo và nhóm 2 bao gồm 3
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội - Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 30 giống bông luồi [31].
Wu và cs. (2001) ựã nghiên cứu tương quan di truyền của 36 giống bông luồi sử dụng các chỉ thị RADP, SSR và ISSR, thu ựược hệ số tương ựồng di truyền giữa các giống từ 0,57-0,93 [71].
Trong những năm gần ựây, chỉ thị SSR ựược sử dụng khá phổ biến ựể ựánh giá ựa dạng di truyền và lập bản ựồ gen. Zhang và cs. (2011) ựã sử dụng 200 cặp mồi SSR nghiên cứu ựa hình 59 giống bông luồi. 40 cặp mồi trong số 200 cặp mồi ựược lựa chọn cho tổng số 302 alen. số alen/locus nằm trong khoảng 2-14, trung bình 7,55 alen/locus. Giá trị PIC nằm trong khoảng 0,5- 0,9, giá trị trung bình là 0,8. Hệ số tương ựồng di truyền giữa các giống khá cao nằm trong khoảng 0,53-0,99 [75].
Cũng trên ựối tượng bông luồi, Rehman và cs. (2009) dùng 25 cặp mồi SSR ựể ựánh giá ựa dạng di truyền 33 giống bông trồng ở Pakistan. Kết quả thu ựược 72 alen, trung bình 2,88 alen/locus. Hệ số tương ựồng của các giống bông nằm trong khoảng 0,43-0,90 [50].
Boopathi và cs. (2008) ựã sử dụng 88 cặp mồi SSR ựể phân tắch ựa dạng di truyền của 35 giống bông (30 giống bông hải ựảo và 5 giống bông luồi), thu ựược 151 alen, với giá trị trung bình 1,72 alen/locus. Hệ số PIC nằm trong khoảng 0,11-0,73, với giá trị trung bình 0,39 [15].
Dongre và cs. (2007) ựã ựánh giá ựa dạng di truyền của 19 giống bông gồm: 11 giống bông thuộc loài G. hirsutum và 8 giống bông thuộc loài G. arboreum, sử dụng 25 mồi SSR ựược lựa chọn ngẫu nhiên từ tập hợp mồi JESPR-307 do phòng thắ nghiệm Brookhaven National Laboratories công bố và 19 mồi ISSR. Trong số 25 chỉ thị SSR có 17 chỉ thị cho tổng số 56 băng ựa hình, 4 chỉ thị là ựơn hình và 4 chỉ thị còn lại là không ghi ựược kết quả và không cho băng ựa hình. Hệ số tương ựồng giữa hai loài G.hirsutum và
Trường đại học Nông nghiệp Hà Nội - Luận văn thạc sĩ khoa học nông nghiệp ẦẦẦẦẦẦẦẦẦ 31
G.arboreum (0,618) thấy nhỏ hơn của các giống tứ bội G.hirsutum (0,718). Trong số 19 chỉ thị ISSR tạo ra 72 băng ựa hình, một mồi là ựơn hình, 3 mồi không ghi ựược kết quả và không cho ựa hình. Hệ số tương ựồng giữa hai loài
G.hirsutum và G.arboreum là 0,59 và cũng cho kết quả hệ số tương ựồng của các loài tứ bội cao hơn các loài lưỡng bội [21].
Trước ựó, Chen Guang và cs. (2006) ựã nghiên cứu ựa dạng di truyền của 43 giống bông luồi sử dụng 36 cặp mồi SSR. Kết quả thu ựược 130 alen, số alen/locus nằm trong khoảng 2-8, giá trị trung bình là 3,6. Hệ số PIC nằm trong khoảng 0,278-0,865 với giá trị trung bình là 0,62. Hệ số tương ựồng di truyền giữa các giống khá cao từ 0,409-0,865, giá trị trung bình là 0,61 [18].
Kết quả nghiên cứu của Wangzhen Guo và cs. (2006), khi nghiên cứu ựa dạng di truyền của 109 giống bông cỏ sử dụng 60 cặp mồi SSR ựã thu ựược 128 alen, trung bình 2,18 alen/locus. Hệ số PIC nằm trong khoảng 0,52- 0,98, với giá trị trung bình 0,89. Liu và cs. (2006) ựã sử dụng 74 cặp mồi SSR ựể xác ựịnh mối quan hệ di truyền giữa 39 giống bông cỏ châu Á. Số alen ựa hình thu ựược 165, với trung bình 2,23 alen/locus. Hệ số tương ựồng di truyền giữa các giống nằm trong khoảng 0,58-0,87 [65].
Bertini và cs. (2006) ựã ựánh giá ựa dạng di truyền của 53 giống bông (Gosypium hirsutum L.) ựang ựược trồng ở Brazil, Argentine và Paraguay sử dụng 31 cặp mồi SSR. Kết quả thu ựược tổng số 66 alen, trung bình 2,13 alen/locus và giá trị PIC khác nhau từ 0,18 - 0,62 giá trị trung bình là 0,4. Hệ số tương ựồng di truyền từ 0,29-1, trung bình là 0,411 [14] .