Cho dù những cố gắng đáng kể từ TAR, sự không chắc chắn còn lại trong tham số của bức xạ mặt trời trong mô hình khí hậu-những kết quả của AMIP-2 và kết quả mô hình gần đây trong MMD cung cấp cơ hội cho đánh giá mô hình hệ thống chính của mô hình khả thi để mô phỏng bức xạ mặt trời. Wild và các cộng sự đã đánh giá những mô hình và tìm ra những khác biệt đáng kể trong hấp thụ bức xạ mặt trời trung bình hàng năm của trái đất trên bề mặt trái đất. Khi so sánh sự quan sát bề mặt trái đất Wild kết luận rằng nhiều mô hình khí hậu ước lượng quá mức sức hút của bức xạ mặt trời do những vẫn đề của tham số trong khí quyển, mây và bình xịt. Tương tự là sự không chắc chắn khi mô phỏng tia hồng ngoại chiếu xuống. Những khó khăn trong mô phỏng hấp thụ mặt trời và tia hông ngoại ở bề mặt không chắc chắn trong mô phỏng dòng nhiệt ẩn và nhạy cảm bề mặt.
8.3.4.4. Carbon
Sự tiến bộ chính từ TAR là có khả năng quản lý hệ thống của bề mặt trái đất để nghiên cứu carbon. Dargavill đã ước lượng khả năng của 4 mô hình thực vật trái đất để mô phỏng động lực mùa và biến động hàng năm CO2 trong khí quyển từ
1980-1991. Sử dụng ngoại suy họ đã đánh giá được khả năng của các mô hình để mô phỏng dòng carbon dựa vào mô hình vận chuyển khí quyển, sử dụng quan sát nồng độ CO2 trong khí quyển. Họ đã tỉm ra những cái mà mô hình trên cạn hướng tới để ước lượng dưới biên đô tuần hoàn theo mùa và mô phỏng mùa xuân với lượng CO2 xấp xỉ một đến 2 tháng sớm hơn. Một trong 4 mô hình, không được sạch để có thể mô phỏng lượng carbon toàn cầu nhưng cả 4 mô hình tạo ra nét đặc trưng chính của tuần hoàn mùa được quan sát ở CO2 trong khí quyển. Ước lượng ngoại suy xa hơn của mô hình thực vật trên trái đất LPJ bởi Sitch đã cung cấp sự tin tưởng vào mô hình có thể tái tạo kiểu thực vật được quan sát, biến động mùa trong hệ sinh thái thay đổi và lượng nước ẩm trong đất địa phương khi bị ép buộc bởi những quan sát khí hậu.
Chỉ hệ thống ước lượng của mô hình carbon cái mà có ảnh hưởng lẫn nhau trong mô hình khí hậu xảy ra như một phần của dự án so sánh mô hình tuần hoàn carbon kết hợp với khí hậu. Nơi mà Friedlingsten đã so sánh khả năng của một bộ mô hình để mô phỏng nồng độ CO2 trong khí quyển theo lịch sử bị ép buộc bởi quan sát phát thải. Điều tạo ra ảnh hưởng lớn đến sự màu mỡ và sự phân chia giữa đất và đại dương được nhận ra trong mô hình riêng biệt, nhưng nó chỉ tạo ra lượng CO2 nhỏ hơn trong tương lai và những khác biệt đó trở lên lớn hơn. Một vài nhóm khác được ước lượng quá tác động riêng biệt tới mô hình carbon đến mô hình khí hậu nhưng những kết quả rất khó đạt được do hướng chắc chắn xảy ra của cả phần trên mặt đất và khí quyển.