Cổ đông là người sở hữu cổ phần của VPBank. Tại thời điểm 31/12/2013, Ngân hàng có 3.710 cổ đông, trong đó chủ yếu là cổ đông cá nhân. Các quyền và nghĩa vụ của cổ đông được quy định cụ thể tại Điều lệ Ngân hàng và tất cả các cổ đông đều có quyền tra cứu Điều lệ này bất cứ lúc nào tại phần dành riêng cho cổ đông trên website của Ngân hàng.
Ngoài quyền lập nhóm cổ đông sở hữu từ 10% cổ phần phổ thông liên tục trong 6 tháng để đề cử, ứng cử người vào HĐQT thì Điều lệ Ngân hàng cũng quy định về việc bầu dồn phiếu, cho phép các cổ đông thiểu số có quyền bầu người đại diện của mình tham gia vào HĐQT.
Ngân hàng chỉ có cổ phần phổ thông và không có cổ phần ưu đãi. Ngân hàng luôn coi trọng quyền lợi của cổ đông và luôn nỗ lực để cung cấp cho cổ đông những thông tin quan trọng về quá trình phát triển của Ngân hàng. Việc quan hệ cổ đông và công bố thông tin cho cổ đông được thực hiện bởi Văn phòng HĐQT. Các ý kiến đóng góp của cổ đông được Văn phòng HĐQT tiếp nhận và xử lý hoặc chuyển cho người có thẩm quyền xử lý theo đúng quy định.
VPBank đã thực hiện xong dự án cải tiến website của Ngân hàng. Theo đó, kênh thông tin dành cho cổ đông đã được cấu trúc lại theo hướng cung cấp đầy đủ thông tin hơn, dễ tra cứu, đảm bảo phù hợp với các tiêu chuẩn quốc tế và tạo thuận lợi cho các cổ đông cũng như nhà đầu tư tiềm năng tiếp cận các thông tin về Ngân hàng.
ĐHĐCĐ gồm tất cả cổ đông có quyền biểu quyết, là cơ quan quyết định cao nhất của VPBank. ĐHĐCĐ đưa ra ý kiến và quyết định tại các cuộc họp ĐHĐCĐ thường niên và bất thường và bằng cách biểu quyết bằng văn bản. ĐHĐCĐ là cơ hội giúp cổ đông, ít nhất 1 lần/năm, trực tiếp trao đổi, thảo luận các vấn đề quan trọng với các thành viên HĐQT, Ban Điều hành và quyết định những định hướng hoạt động cho năm tài chính tiếp theo của Ngân hàng.
Năm 2013, cuộc họp ĐHĐCĐ thường niên được tổ chức sau khi tổ chức kiểm toán độc lập hoàn thiện việc kiểm toán báo cáo tài chính và Ngân hàng hoàn thiện các thủ tục bầu bổ sung thành viên HĐQT theo quy định của pháp luật. Thư mời họp được gửi cho tất cả các cổ đông kèm theo hướng dẫn về việc ủy quyền dự họp và các tài liệu đều được công bố đầy đủ trên website của Ngân hàng.
Trình tự, thủ tục triệu tập và biểu quyết tại ĐHĐCĐ đã được thực hiện đầy đủ theo quy định chi tiết tại Điều lệ Ngân hàng. Ngoài ra, tại cuộc họp ĐHĐCĐ thường niên, Ngân hàng cũng lập các Quy chế tổ chức Đại hội, Quy chế biểu quyết các nghị quyết tại Đại hội và Quy chế bầu cử các thành viên HĐQT, BKS (nếu phải bầu) để các cổ đông thông qua làm căn cứ áp dụng tại cuộc họp. Các quy chế này đều được gửi kèm với tài liệu họp và công bố trên website của Ngân hàng tối thiểu 07 ngày trước ngày khai mạc cuộc họp để các cổ đông có thời gian nghiên cứu và đóng góp ý kiến.
Tại ĐHĐCĐ thường niên 2013, các báo cáo quan trọng như Báo cáo hoạt động của HĐQT, Báo cáo hoạt động của BKS và Báo cáo tình hình hoạt động của Ngân hàng đều được trình bày và được các cổ đông thảo luận trước khi thông qua.
Ngân hàng đã áp dụng các công nghệ thông tin hiện đại để cổ đông có thể giám sát tốt nhất các kết quả kiểm tra tư cách đại biểu và kết quả biểu quyết các vấn đề tại cuộc họp cũng như rút ngắn thời gian thực hiện các công việc này.
Điều lệ Ngân hàng cho phép ĐHĐCĐ có thể biểu quyết thông qua việc lấy ý kiến bằng văn bản đối với những vấn đề thuộc thẩm quyền, trừ một số vấn đề bắt buộc phải biểu quyết tại cuộc họp ở bất cứ thời điểm nào nếu HĐQT thấy cần thiết cho lợi ích của Ngân hàng. Các tài liệu để lấy ý kiến cổ đông bằng văn bản được đăng trên website của Ngân hàng. Cổ đông nào không nhận được thư xin ý kiến vẫn có thể tra cứu và in các tài liệu để biểu quyết tại đây. Thời gian để xin ý kiến cổ đông bằng văn bản thường từ 10-30 ngày, phù hợp với nội dung công việc và đủ để cổ đông có thể nghiên cứu và gửi lại ý kiến của mình. Việc kiểm phiếu biểu quyết được thực hiện dưới sự chứng kiến của thành viên BKS và Biên bản kiểm phiếu được công bố trên website của Ngân hàng trong vòng 24 giờ sau khi lập. Trong năm 2013, VPBank đã tiến hành lấy ý kiến cổ đông bằng văn bản 01 lần để xin ý kiến về việc bầu bổ sung thêm thành viên HĐQT.