Ngay sau khi leđn caăm quyeăn, C. Aquino lieăn tuyeđn bô ađn xá cho tât cạ những người chông đôi chính trị và đã thạ hơn 500 tù chính trị (3.1986), trong đó có cạ 4 nhađn vaơt caăm đaău Đạng Coơng sạn Philippines và Quađn đoơi Nhađn dađn mới là Jose Maria Sison, Bernabe Buscavo, Alec Birondo và Ruten Alecree. Bà nói raỉng môi quan tađm hàng đaău cụa chính phụ sẽ là cại thieơn tình hình kinh tê, giạm sô người thât nghieơp. Ngoài ra, chính phụ mới sẽ ban hành luaơt cại cách ruoơng đât, giại quyêt các cuoơc noơi daơy cụa Quađn đoơi Nhađn dađn mới và cụa Hoăi giáo. Veă đôi ngối, tuy nói raỉng sẽ xem xét lái vân đeă có neđn duy trì các caín cứ quađn sự lớn nhât cụa Mỹ ở vùng chađu Á-Thái Bình Dương hieơn đang được đaịt tređn lãnh thoơ Philippines là Subic Bay và Clark Field khi thời hán cho thueđ chúng châm dứt vào naím 1991, chính phụ Aquino văn muôn coi Mỹ là đoăng minh thađn thiêt nhât và bày tỏ mong muôn nhaơn được nhieău vieơn trợ hơn cụa Washington đeơ có theơ oơn định tình hình trong nước.
Tháng 12.1986, chính phụ đã thođng qua "Chương trình phát trieơn lây nhađn dađn làm đoơng lực" (PPD) được các quan chức chính phụ, các nhà kinh doanh và những nhà quan sát tình hình thời cuoơc ở Philippines gĩi là "chiên lược phúc hoăi kinh teâ". Kê hốch này đòi hỏi phại sớm khaĩc phúc những khó khaín lớn veă kinh tê và tài chính như làm thê nào đeơ trạ món nợ nước ngoài mà naím 1987 đã leđn đên 28,5 tư đođ la và vieơc trạ nợ này trong naím 1986 đã chiêm 37% toơng thu nhaơp ngối teơ, làm thê nào đeơ nađng cao sức mua cụa người dađn khi hieơn nay 3/5 nhađn dađn còn sông dưới mức nghèo khoơ và
tình tráng nghèo khoơ hieơn nay "có quy mođ cụa moơt tai hố xã hoơi và tinh thaăn" (như nhà kinh tê hĩc Alejandro Luchauco đã đánh giá), những khó khaín trong vieơc sạn xuât gáo, đường và daău dừa mà hieơn nhu caău tređn thị trường thê giới đang giạm sút (đường), hoaịc bị daău cĩ cánh tranh (daău dừa). Ý đoă cụa chính phụ Aquino là muôn thođng qua vieơc phát trieơn khu vực nođng thođn đeơ nađng cao nhu caău khođng chư veă lương thực và nođng phaơm mà còn cạ veă hàng hóa và dịch vú...
Nhưng đeơ thực hieơn noơi chiên lược phát trieơn tređn vôn lây nođng nghieơp làm trĩng tađm, vân đeă đaịt ra là phại câp thiêt giại quyêt ruoơng đât cho nođng dađn. Cuoơc bieơu tình đăm máu cụa nođng dađn ngày 22.1.1987 là lời báo đoơng cho chính phụ Aquino.
Moơt vân đeă khác cũng thu hút nhieău sự chú ý cụa chính phụ là cuoơc noơi daơy cụa Quađn đoơi Nhađn dađn mới do Đạng Coơng sạn lãnh đáo. Đaău tháng 12.1986, Aquino đã bày tỏ thieơn chí muôn giại quyêt vân đeă này baỉng vieơc kí kêt với lực lượng noơi daơy hieơp ước đình chiên 60 ngày. Chính phụ đã tiên hành đàm phán với những đái bieơu cụa Maịt traơn dađn toơc dađn chụ taơp hợp khoạng 10 toơ chức và phe nhóm cánh tạ, mà trong đó Đạng Coơng sạn giữ vai trò nòng côt. Hĩ đòi chia ruoơng đât cụa địa chụ cho nođng dađn, đóng cửa các caín cứ quađn sự cụa Mỹ, xem lái các hieơp ước đã kí với các toơ chức tài chính quôc tê, xoá nợ nước ngoài và thành laơp "chính phụ lieđn hợp quá đoơ" với sự tham gia cụa cánh tạ. Chính phụ đã bác bỏ haău hêt các yeđu sách, chư đoăng ý thạo luaơn veă vân đeă cại cách ruoơng đât và sẵn sàng "ađn xá trong danh dự" cho quađn noơi daơy. Từ ngày 11.2, quađn noơi daơy đã tiêp túc các hốt đoơng quađn sự chông chính phụ. Nguyeđn nhađn thât bái cụa các cuoơc đàm phán moơt phaăn là do laơp trường quá khích cụa những nhà lãnh đáo Quađn đoơi Nhađn dađn mới, nhưng cũng còn do thái đoơ cứng raĩn cụa những người lãnh đáo quađn đoơi chính phụ. Được caăm đaău bởi boơ trưởng quôc phòng J.P. Enrile và tổng tham mưu trưởng F. Ramos – hai nhađn vaơt mà sự thaíng tiên cá nhađn gaĩn lieăn với chê đoơ Marcos, giới sĩ quan cao câp, mà cuoơc sông và con đường tiên thađn cụa hĩ dieên ra chụ yêu trong thời kì thiêt quađn luaơt và trong cuoơc chiên tranh daỉng dai với Quađn đoơi Nhađn dađn mới, rât lo laĩng trước laơp trường mà hĩ cho là quá meăm dẹo đôi với quađn noơi daơy cụa chính phụ mới. Chư bỏ rơi Marcos vào giờ chót đeơ gia nhaơp phe đôi laơp, bạn thađn J.P. Enrile có tham vĩng trở thành toơng thông. Do đó, ngay sau khi Aquino leđn caăm quyeăn, ođng ta đã mau chóng leđn tiêng chư trích các hốt đoơng cụa chính phụ. Người ta khođng lối trừ sự can dự cụa ođng này trong 5 cuoơc đạo chính quađn sự đã lieđn tiêp dieên ra trong 18 tháng sau khi Aquino leđn caăm quyeăn. Là toơng tham mưu trưởng quađn đoơi, F. Ramos muôn dựa vào Mỹ, vôn rât sẵn sàng chi vieơn quađn sự cho quađn đoơi Philippines trong cuoơc chiên đâu chông quađn noơi daơy và duy trì lađu dài các caín cứ quađn sự tređn lãnh thoơ quaăn đạo. Maịc dù Enrile đã sớm bị cách chức, quađn đoơi văn chưa trở thành choê dựa vững chaĩc cho chính quyeăn Aquino.
Trong bôi cạnh như tređn, đeơ tiêp túc toăn tái, C. Aquino chư có theơ tìm moơt choê dựa vững chaĩc chính ngay trong lực lượng đã đưa bà leđn caăm quyeăn: quaăn chúng nhađn dađn. Cuoơc trưng caău dađn ý bạn Hiên pháp mới dieên ra vào ngày 2.2.1987 đã được C.
Aquino coi như là sự xác định thái đoơ cụa nhađn dađn đôi với cá nhađn và chính phụ cụa bà. Hơn 80% sô sử tri đã đi bỏ phiêu và tređn 76% đã tán thành bạn Hiên pháp. Như vaơy, chê đoơ Aquino đã được hợp pháp hóa.
Theo Hiên pháp mới, người đứng đaău nhà nước và ngành hành pháp là toơng thông với nhieơm kỳ duy nhât kéo dài 6 naím. Phó toơng thông có theơ phúc vú khođng quá 2 nhieơm kỳ lieđn tiêp. Quôc hoơi lưỡng vieơn sẽ được phúc hoăi. Thượng vieơn goăm 24 thành vieđn với nhieơm kì 6 naím. Há vieơn goăm tôi đa 250 thành vieđn có nhieơm kì 3 naím. Tháng 5.1987, sẽ laăn lượt toơ chức baău Quôc hoơi mới, keơ cạ câp tưnh và thành phô. Hiên pháp dã caĩt giạm moơt sô quyeăn lực cụa chính phụ đeơ giao lái cho Quôc hoơi và câm khođng được boơ nhieơm những bà con thađn caơn cụa toơng thông vào các chức vú có trách nhieơm trong chính quyeăn, vôn là thói túc xuât hieơn dứơi thời Marcos. Hiên pháp đạm bạo quyeăn laơp cođng đoàn, câm quađn nhađn tham gia sinh hĩat chính trị ngoài các cuoơc baău cử, câm vi phám quyeăn cođng dađn. Do sức ép cụa Mỹ, bạn Hiên pháp chư đeă caơp raỉng Hieơp ước song phương veă vieơc duy trì các caín cứ quađn sự nước ngoài phại được 2/3 sô đái bieơu Thượng vieơn Philippines thođng qua. Ngoài ra, hiên pháp cũng quy định Philippines tiêp túc theo đuoơi chính sách phi hát nhađn lãnh thoơ cụa mình. Hiên pháp thừa nhaơn quyeăn tự trị cụa những người theo Hoăi giáo ở mieăn Nam.
Tháng 12.1989, quađn đoơi lái toơ chức moơt cuoơc đạo chính quađn sự nhaỉm laơt đoơ chính phụ Aquino. Nhưng được sự ụng hoơ cụa lực lượng khođng quađn Mỹ, lực lượng quađn sự trung thành với chính phụ đã daơp taĩt cuoơc đạo chính. Tháng 2.1990, Juan Ponce Enrile bị baĩt.
Trong cuoơc baău cử toơng thông dieên ra trong tháng 5.1992, cựu boơ trưởng Quôc phòng Fidel Valdez Ramos đã đaĩc cử.
Tháng 11.1992, chính phụ Philippines chính thức thu hoăi các caín cứ quađn sự ở vịnh Subic Bay và dự định biên nơi đađy thành khu kinh tê tự do lớn nhât trong vùng Đođng Nam Á.
Tháng 7.1996, Phong trào ly khai Hoăi giáo ở mieăn Nam đoăng ý với quy chê tự trị.