Hốt đoơng xađm nhaơp cụa Anh ở mieăn Nam đã làm thực dađn Tađy Ban Nha lo sợ. Xét thây khođng đụ lực lượng đeơ chinh phúc các sultanat mieăn Nam baỉng báo lực, chính quyeăn thực dađn đã chuyeơn sang dùng phương pháp hòa bình. Trong những naím 1836- 1837, toàn quyeăn Philippines đã kí với sultan Sulu những hieơp ước thađn thieơn và thương mái, đạm bạo cho người Tađy Ban Nha quyeăn tự do hốt đoơng thương mái tređn lãnh thoơ sultanat và quyeăn đi lái trong vùng bieơn Sulu, hai beđn cũng cam kêt giúp đỡ lăn nhau khi có xung đoơt với nước thứ ba. Naím 1842, Tađy Ban Nha xađy dựng pháo đài ở Basilan nhaỉm múc đích kieơm soát đạo này và nhóm các đạo Balanguino lađn caơn và hoơ trợ pháo đài Zamboanga. Đađy là vieơc làm kịp thời vì từ đaău những naím 1840, các tàu chiên và tàu buođn Pháp đã baĩt đaău thường xuyeđn đi lái trong vùng bieơn Sulu. Ý đoă cụa người Pháp là ký moơt hieơp ước thương mái với sultan Pulalun cụa Sulu và naím 1845, người
đái dieơn ngối giao cụa Pháp ở Trung Quôc đã thương lượng với sultanat Sulu đeơ mua đạo Basilan, nhưng khođng được chính phụ Pháp tán đoăng.
Sự dòm ngó cụa Anh, Pháp và hốt đoơng bành trướng ráo riêt cụa Hà Lan ở Indonesia trong nửa sau thê kư XIX đã thúc đaơy thực dađn Tađy Ban Nha tìm cách chinh phúc cho kì dược câc sultanat miền Nam. Cuơc chiến tranh chinh phục baĩt đaău từ giữa những naím 1840 và kéo dài cho đên khi ách thông trị cụa Tađy Ban Nha ở Philippines bị súp đoơ. Múc tieđu đaău tieđn là sultanat Sulu vì đađy là nơi Anh, Pháp chú ý nhieău nhât. Laăn này, thực dađn Tađy Ban Nha đã taơp trung moơt lực lượng quan trĩng đođng đạo với những phương tieơn quađn sự hieơn đái như tàu cháy hơi nước và đái bác. Rút kinh nghieơm những laăn trước, thực dađn Tađy Ban Nha đã lỡi dúng tình tráng chia rẽ giữa các sultanat đeơ khuât phúc từng tieơu quôc baỉng chính sách "đôt sách và giêt sách". Nhờ đó, quađn xađm lược đã laăn lượt khuât phúc được Sulu (1851 và 1878), Maguidanao (1863) và Buyan (1887). Tuy nhieđn ở những nơi khác, cuoơc chiên tranh daỉng dai với người Moro văn tiêp túc cho đên khi đê quôc Mỹ đaịt chađn đên mieăn Nam.