2. Đặc điểm của chi Begomovirus
4.1.5.Kết quả giải trình tự gen
Việc giải trình tự toàn bộ bộ gen của 3 mẫu virus được thực hiện trên khuôn vector tái tổ hơp tinh chiết (miniprep). Phản ứng giải trình tự được thực hiện với kit BigDye terminator (hãng A&B). Sau khi thực hiện phản ứng giải trình tự tại TT bệnh cây nhiệt
đới, hỗn hợp phản ứng được làm khô và gửi đọc bằng điện di mao quản tại tại Viện CNSH-Viện Khoa Học Công Nghệ Quốc Gia.
Vì bộ gen của virus khá lớn nên chúng tôi tiến hành giải trình tự hai lần theo cả 2 chiều (Hình 4.6). Lần thứ nhất chúng tôi sử dụng 2 mồi được thiết kế trên vector là SeqF và SeqR. Với trình tự thu được từ lần thứ nhất của ba mẫu virus, chúng tôi thực hiện căn trình tự và thiết kế 2 mồi giải trình tự chung cho cả 3 chuỗi để thực hiện tiếp việc giải trình tự lần 2 cho phần còn lại của bộ gen. Hai mồi cho lần giải trình tự thứ 2 này được ký
hiệu là HaiSeqF (5’GACCTCCTTTTGTTTGTGAC3’) và HaiSeqR
Hình 4.6: Sơđồ giải trình tự bộ gen của 3 mẫu virus được dòng hóa trên vector pTZ57R/T. Kết quả sau khi giải trình tự chúng tôi thu được bốn trình tự cho mỗi mẫu. Tất cả
các trình tựđều có chất lượng tốt (đồ thị trình tự rõ ràng, không nhiễu) với chiều dài đọc
được khoảng 800 bp (Phụ lục 2).
Các trình tự này cùng với trình tự thu được khi giải trình tự trực tiếp (Lê Văn Hải, 2009) được chúng tôi lắp ráp và biên tập bằng chương trình Seqman (Lasergen, DNASTAR). Cuối cùng, chúng tôi thu được một trình tự genome duy nhất cho mỗi virus. Các trình tự này (Phụ lục 3) đã được gửi trên GenBank.
DNA virus
Bộ gen virus
SeqF HaiSeqF HaiSeqR SeqR
pTZ57R/T pTZ57R/T
4.2. Đặc trưng phân tử của ba mẫu virus Cachua 100, Cachua 89 và Dudu 31 4.2.1. Tổ chức bộ gen