2. Đặc điểm của chi Begomovirus
4.2.3.5. Phân tích tái tổ hợp
Trong quá trình phân tích trình tự chúng tôi nhận thấy 3 virus trong nghiên này có nhiều đặc điểm dựđoán chúng có thể chứa các đoạn tái tổ hợp. Ngoài ra, Fauquet và cộng sự (2003) cũng tổng kết rằng các virus có mức đồng nhất nucleotide trên toàn bộ gen khoảng 87 % thường là các virus tái tổ hợp. Chúng tôi đã sử dụng phần mềm phát hiện tái tổ hợp RDP3 (Recombinant Detection Program phiên bản 3.0) (Martin và cộng sự, 2005)
để phát hiện các sự kiện tái tổ hợp liên quan đến 3 virus. Các chuỗi virus đều được căn trình tựđa chuỗi dùng phần mềm ClustalX trước khi phân tích tái tổ hợp.
Đối với 2 mẫu Dudu31 và Cachua89, chúng tôi đã không thể tìm được sự kiện tái tổ hợp có ý nghĩa thống kê nào. Vì 2 virus này, cùng với ToLCHV, thuộc cùng một loài nên kết quả này trái ngược với kết quả của Zhang và cộng sự (2010). Các tác giả, cũng dùng phần mềm RDP, đã cho biết ToLCHV là 1 virus tái tổ hợp với bộ khung là
PaLCuCNV và chứa 2 đoạn tái tổ hợp. Đoạn tái tổ hợp thứ nhất khoảng ~ 400 nt có nguồn gốc từ ALCuV (Ageratum leaf curl virus) còn đoạn thứ hai khoảng ~ 530 nt có nguồn gốc từ ToLCVV (Hình 4.12).
Hình 4.12. Nguồn gốc tái tổ hợp của ToLCHV theo Zhang và cộng sự (2010).
Đối với mẫu Cachua100, có 2 sự kiện tái tổ hợp liên quan đến virus được xác định.
Đoạn tái tổ hợp thức nhất là 1 đoạn lớn dài 1574 nt, kéo dài từ vị trí 2097 nt (khoảng giữa của ORF C1) qua vùng IR tới vị trí 893 nt (gần hết đầu 3’ của ORF V1) có nguồn gốc từ PaLCuCNV (Hnh 4.13). So sánh trình tự thấy ở đoạn này, Cachua100 và PaLCuCNV có mức đồng nhất tới 96.9 % trong khi trên toàn bộ bộ gen, chúng chỉ giống nhau 87 %.
Đúng như dựđoán ở phần so sánh trình tự, chúng tôi đã phát hiện 1 đoạn tái tổ hợp thứ 2 có nguồn gốc từ ALCV. Đoạn này cũng khá dài với kích thước 1157 nts, bắt đầu từ
vị trí 111, bao trùm toàn bộ ORF V2, ORF V1 và phần đầu của ORF C3. So sánh trình tự
thấy trên đoạn tái tổ hợp này, Cachua100 và ALCV có mức đồng nhất nucleotide tới 97.5 % trong khi trên toàn bộ gen, chúng chỉđồng nhất 84.9 %.
Mặc dù đoạn tái tổ hơp thứ nhất gối lên đoạn thứ hai 782 nt nhưng đây là 2 đoạn
được phát hiện độc lập. Đây là một ví dụ của quá trình tái tổ hợp kép của begomovirus. Hiện tượng này không lạ bởi begomovirus có một cơ chế tái sinh phụ thuộc tái tổ hợp RDR (Alberter và cộng sự, 2005; Jeske và cộng sự, 2001; Preiss and Jeske, 2003) nên sự
tái tổ hợp của trong nhóm này xảy ra rất phổ biến ngoài tự nhiên. Cho tới nay, đã có rất nhiều công bố về sự hình thành các begomovirus mới do hậu quả của tái tổ hợp.
P = 8.737 x 10-40 A
P = 2.844 x 10-28 B
C
Hình 4.13: Tái tổ hợp của Cachua100. A) Đoạn tái tổ hợp 1 liên quan đến PaLCuCNV. B) Đoạn tái tổ hợp 2 liên quan đến ALCuV. Hai đoạn được phát hiện bằng phương pháp RDB.
Bảng 4.9. Mức đồng nhất nucleotide (%) tại các đoạn tái tổ hợp của Cachua100
Virus liên quan Đo(2087 – 893) ạn tái tổ hợp 1 Đoạn tái tổ hợp 2
(111-1267) Toàn bộ bộ gen
PaLCuCNV-G43 96.9 - 87.0
ALCV-G52 - 97.5 84.9
Ghi chú: Số trong ngoặc là vị trí nucleotide trên bộ gen của Cachua100
Cachua100 PaLCuCNV (1574 nt) PaLCuCNV (1574 nt) ALCuV (1157 nt) 2097 893 111 1067