2. Đặc điểm của chi Begomovirus
4.2.3.3. So sánh iteron và IRD của 3 virus với các begomovirus đã công bố
Nhưđã trình bày ở phần 4.2.2.1 và 4.2.2.2, vùng ori (nằm trong vùng liên gen IR) chứa các chuỗi lặp iteron mà trình tự, số lượng, cách xắp xếp và vị trí tương đối với nhau của chúng nhìn chung đặc hiệu cho mỗi begomovirus và tương ứng với trình tự chuỗi IRD ở phần đầu amin của protein Rep (Arguello-Astorga, 1994; Argüello-Astorga và Ruiz- Medrano, 2001).
Vì mối quan hệ iteron/IRD phản ánh tính đặc hiệu loài trong quá trình tái sinh virus – một trong các chỉ tiêu phân loại của begomovirus, đặc biệt khi các virus có mức
độ đồng nhất nucleotide gần ngưỡng phân chia loài nên chúng tôi đã so sánh 2 motif này của 3 mẫu Dudu31, Cachua89, Cachua100 và một số virus có quan hệ gần gũi. Vùng ori chứa các chuỗi iteron và chuỗi IRD tương ứng của các virus trong phân tích được trình bày ở Bảng 4.7.
So sánh cho thấy mẫu Dudu31 và Cachua89, mặc dù được xem là cùng loài với ToLCHV dựa trên mức độ đồng nhất toàn bộ bộ gen, nhưng có đặc điểm iteron và IRD khác hẳn nhau. Mẫu Dudu31 có trình tự đoạn chứa iteron đồng nhất 100 % với đoạn tương ứng của ToLCHV. Hậu quả là cả 2 virus này có trình tự iteron (GGTGT), số lượng iteron (2), cách xắp xếp, vị trí iteron và trình tự IRD (MPPPKKFLIN) đồng nhất (Bảng 4.7). Trái lại, mẫu Cachua89, mặc dù có trình tự iteron (GGTGT) giống như của Dudu31
và ToLCHV, lại có 3 iteron phía đầu 5’ và 1 iteron đảo phía đầu 3’ của hộp TATA. Trình tự IRD của Cachua89 cũng sai khác tới 3 amno acid (MAPPNKFRIN) so với trình tự IRD của Dudu31 và ToLCHV.
Như trình bày ở Bảng 4.7, đặc điểm iteron/IRD của Cachua89 gần như đồng nhất 100 % với đặc điểm tương ứng của 2 virus thuộc 2 loài khác là ToLCVV và TYLCTHV.
Đối với mẫu Cachua100, đặc điểm iteron/IRD của virus này đồng nhất 100 % với của PaLCuCNV. Hai virus này có đặc điểm iteron/IRD giống như của nhóm Cachua89, ToLCVV và TYLCTHV ở trên, ngoại trừ rằng chúng chỉ có 2 iteron.
Argüello-Astorga và Ruiz-Medrano (2001) đã chia quan hệ iteron/IRD của các geminivirus thành 7 nhóm. Trong 7 nhóm này, nhóm iv có 2 nhóm phụ iv-3 với quan hệ
iteron/IRD là GG(T/G)GT / PXXF(K/R)L*N và nhóm phụ iv-5 là GGGT(C/A) / K(K/R)FL*L*N (trong đó X là bất kỳ amino acid còn L* là I, L hay V). Đối chiếu có thể
thấy Dudu31 và ToLCHV thuộc nhóm phụ iv-5 còn Cahua89, ToLCVV, TYLCTHV, Cachua100 và PaLCuCNV thuộc nhóm phụ iv-3.
Bảng 4.7: So sánh iteron và IRD của 3 virus Dudu31, Cachua89 và Cachua100 với một số
begomovirus
Virus Đoạn chứa iteron của ori IRD
Dudu31 ATCGGGTCCTCTCAAACTTAGCTATGCAATCGGGGAATGGGTCCTTATTTATATGTGAGGACCTAA MPPPKKFLIN
ToLCHV-FN434083 ATCGGGTCCTCTCAAACTTAGCTATGCAATCGGGGAATGGGTCCTTATTTATATGTGAGGACCTAA MPPPKKFLIN
Cachua89 ATCGGTGTCTCTCAAACTTGGCTATGCAATTGGTGTCTGGTGTCTTATTTATATGTGGACACCAA MAPPNKFRIN
ToLCVV-AF264063 ATCGGTGTCTCTTAAACTTGGCTATGCAATTGGTGTCTGGTGTCTTATTTATATGTGGACACCAA MAPPNKFRIN
TYLCTHVAY514630 ATCGGTGTCTCTCAAACTTGGCTATGCAATCGGTGTCTGGTGTCTTATTTATACCTAGACACCAA
MAPPNKFRIN
Cachua100 ATCGGTGTCTCTCAAACTTGGCTATGCAATTGGTGTCTGGGGTCTTATTTATATGTGGACACCAA MAPPNKFRIN PaLCuCNV-AJ876548 ATCGGTGTCTCTCAAACTTGGCTATGCAATTGGTGTCTGGGGTCTTATTTATATGTGGACACCAA MAPPNKFRIN
AGLCV-AJ851005 ATCGGTACTCAGCAACCTTGGCTATGCAATCGGTGATTGGTACTCAATATATAGTGAGTACCAA MAPPKRFQIY