Cũng như các sinh vật khác, vi khuẩn cũng có khả năng thích nghi với điều. Vì vậy, việc sử dụng kháng sinh kéo dài và không đúng nguyên tắc gây nên hiện tượng kháng thuốc của vi khuẩn. Theo Nguyễn Vĩnh Phước [15], một cá thể hoặc một nòi vi khuẩn nhất định nào đó được gọi là đề kháng với thuốc nếu nó có thể sống và phát triển được trong một môi trường có nồng độ kháng sinh cao hơn nồng độức chế sinh sản và phát triển của phần lớn những cá thể khác hoặc những nòi khác trong cùng một canh khuẩn.
Một số loại vi khuẩn có khả năng kháng lại những kháng sinh mà nó chưa hề tiếp xúc hoặc có thể không mẫn cảm với nhiều kháng sinh mà trên lý thuyết là có tác dụng. Sở dĩ có hiện tượng này là do ở một số vi khuẩn có yếu tố di truyền ngoài nhân, yếu tố này có liên quan chặt chẽ đến khả năng kháng kháng sinh của vi khuẩn gọi là các R-factor hay Plasmid. Đây là những sợi AND nằm trong nguyên sinh chất tế bào của vi khuẩn nó hoàn toàn độc lập với nhân về mặt di truyền. Hiện tượng kháng thuốc có thể được lây lan rất nhanh vì các yếu tố gây nên hiện tượng kháng thuốc rất dễ được trao đổi giữa các vi khuẩn trong quá trình tiếp hợp [26].
Ngày nay, hiện tượng kháng kháng sinh của vi khuẩn rất phổ biến, gây trở ngại lớn cho công tác điều trị, việc sử dụng các thuốc hóa học trị liệu phải được quy định và giám sát thật chặt chẽ. Ngoài ra, người dùng thuốc có chuyên môn cũng cần cân nhắc kỹ trong việc lựa chọn thuốc sao cho phù hợp với mục đích điều trị bệnh nhưng không gây ảnh hưởng đến các yếu tố khác trong chăn nuôi.