LPS của vi khuẩn Gram (-) có cấu tạo phân tử lớn gồm 3 vùng riêng biệt với các ñặc tính ñối lập nhau: vùng thứ nhất là vùng ưa nước, vùng lõi ở trung tâm và vùng lipit A. Vùng ưa nước gồm một chuỗi polysaccharide chứa các ñơn vị cấu trúc của kháng nguyên O. Vùng lõi có bản chất là axitic heterooligosaccharide nối kháng nguyên O với vùng lipit A (Orskov và cs, 1977).
ðiều cần lưu ý là endotoxins có thể ñược giải phóng từ tế bào trong quá trình phát triển hoặc do tế bào phân giải. LPS ñảm bảo chức năng nội ñộc tố do lipit A ñảm nhận và kháng nguyên O do chuỗi lipopolysaccharide quy ñịnh của vi khuẩn ñường ruột (Bradley, 1979). Lipit A ñược cấu tạo bởi glucosaminyl β 1,6- glucosamine disaccharide, thay thế ở vị trí 1 và 4 bởi các nhóm PO4-3 tạo nên cầu nối pyrophosphate liên kết với glucosamine disaccharide. Nhóm hydroxyl và nhóm amino tạo nên cầu nối với chuỗi dài axit béo và chỉ có β hydroxy axit béo là tham gia vào cấu nối amide. Chiều dài của chuỗi axit béo β hydroxy ñược ñánh số và là ñặc tính của các nhóm vi khuẩn riêng biệt. Thành phần axit béo trong chuỗi lipit A có thể chịu ảnh hưởng của thành phần môi trường và không có mặt trong các axit béo khác thuộc thành tế bào vi khuẩn Gr (-). Và do vậy lipit A liên quan ñến lipit vi khuẩn và chỉ trong ñiều kiện nuôi cấy xác ñịnh mới có thể ñảm bảo chuỗi lipit A phát triển ñầy ñủ (Bradley, 1979).
Có thể thu ñược lipit A từ LPS bởi thuỷ phân a yếu, phá vỡ cầu nối giữa chuỗi polysaccharide và lipid A. Lipit A thu ñược không hoà tan trong nước và ñặc tính hoạt ñộng sinh học hạn chế. Lipit A cũng có thể ñược tách ra từ chủng biến dị dạng R với cấu trúc LPS không hoàn thiện. Lipit A tự do, giống như lipid A kết hợp, có ái lực với màng tế bào, với các lipit khác và với protein. Dung dịch lipit A kết hợp với albumin huyết thanh ở bò tạo ra một hỗn hợp giống như một nội ñộc tố. ðiều ñó cho thấy lipit A chính là trung tâm hoạt ñộng nội ñộc tố của LPS, trong khi ñó chuỗi polysaccharide giữ vai trò là vật mang các lipit không hoà tan (Bradley, 1979).
Chuỗi polysaccharide tách ra từ LPS có khả năng hoạt ñộng sinh học giống như endotoxin, ví dụ kích thích phân chia tế bào tuỷ xương, bảo vệ chuột khỏi liều X quang gây chết. Chính vì vậy không thể không hy vọng rằng một vài ñoạn của phân tử nội ñộc tố có hoạt ñộng sinh học, bởi vì endotoxin có hai hoạt ñộng phụ thuộc lẫn nhau ñó là ñộc tính ban ñầu và ñộc tính thứ cấp. ðộc tính thứ cấp ñược xác ñịnh bởi tình trạng quá mẫn với LPS phát triển hầu hết các ñộng vật không tiêu chảy khi tiếp xúc với vi khuẩn ñường ruột gây nhiễm trùng lâm sàng, cận lâm sàng. Mặc dù vậy lipit A thuộc LPS giữ vai trò hoạt ñộng chính của một nội ñộc tố thuộc vi khuẩn Gr (-) (Bradley, 1979).
Trước khi thể hiện ñộc tính của mình, LPS cần phải liên kết với các yếu tố liên kết tế bào hoặc các receptor bề mặt tế bào. Trên bề mặt các tế bào mẫn cảm với LPS tồn tại các receptor liên kết với LPS như tế bào lâm ba cầu B, lâm ba cầu T, tế bào ñại thực bào, tiểu cầu, tế bào gan lách. Bản chất của các receptor này là glycerolphosphatide. Cầu nối giữa LPS và glycerolphosphatide thực hiện ñược nhờ vào các cation hóa trị 2 hoặc 3, bởi vì cả hai yếu tố LPS và glycerolphosphatide ñều mang ñiện tích âm.