Công tác kiểm tra, thanh tra có vai trò rất lớn trong công tác quản lý thuế GTGT. Công tác kiểm tra, thanh tra của các cơ quan Nhà nớc có vai trò đảm bảo công bằng trong xã hội và sự công minh của pháp luật. Nó làm tăng ý thức chấp hành nghĩa vụ nộp thuế của ĐTNT cũng nh ý thức trách nhiệm của cán bộ thuế, góp phần ngăn chặn tình trạng tiêu cực, gian lận.
Do đó, Nhà nớc cần xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra trình lãnh đạo phê duyệt theo đúng quy định, kiểm tra quyết toán thuế, hoàn thuế năm trớc, tiếp tục xử lý nghiêm các trờng hợp dây da, nợ đọng, trốn thuế. Tăng cờng kiểm tra, thanh tra và xử lý nghiêm các trờng hợp vi phạm, nhằm không ngừng nâng
cao trình độ quản lý thuế ở văn phòng Cục và các Chi cục thuế cũng nh ý thức chấp hành nghĩa vụ nộp thuế của ĐTNT. Việc xử lý nghiêm những trờng hợp vi phạm sẽ góp phần phát huy tinh thần tự chủ, giám chịu trách nhiệm trớc pháp luật của cán bộ thuế cũng nh doanh nghiệp trong việc chấp hành thực hiện luật thuế GTGT.
Duy trì và đẩy mạnh công tác kiểm tra, thanh tra nội bộ ngành về việc chấp hành kỷ cơng, kỷ luật và thực hiện các quy trình nghiệp vụ trong công tác quản lý thuế GTGT, thực hiện đồng bộ, nghiêm túc các biện pháp kinh tế, hành chính trong công tác thu thuế.
Việc gian lận trốn lậu thuế luôn luôn là vấn đề bức xúc trong công tác quản lý thuế và đang ngày càng gia tăng, việc thực hiện quy trình tự kê khai, tự tính thuế tạo điều kiện cho các đối tợng xấu gian lận. Do đó cần tập trung lực lợng cán bộ thuế để đẩy mạnh công tác kiểm tra, thanh tra ĐTNT nhằm chặn đứng các gian lận về thuế, chống thất thu ngân sách, đảm bảo công bằng về nghĩa vụ thuế giữa các thành phần kinh tế. Tiến hành tổng kiểm tra và tập trung quản lý thu thuế đối với các hoạt động còn thất thu: kinh doanh xăng dầu, cho thuê văn phòng làm việc, quầy ốt kinh doanh, kinh doanh tân dợc, xây dựng cơ bản, kinh doanh nhà hàng, khách sạn. Tăng cờng kiểm tra, khai thác nguồn thu, làm cho các chính sách thuế GTGT thực sự đi vào cuộc sống.