Thực hiện liên tục, thờng xuyên việc cải cách hành chính thuế, cải cách nghiệp vụ quản lý thuế theo hớng đơn giản, rõ ràng, công khai, từng bớc hiện đại hoá, vi tính hoá, tôn trọng và đề cao trách nhiệm trớc pháp luật của ĐTNT. Quy trình quản lý thuế mới phải là nâng cao tính tự giác thực hiện nghĩa vụ nộp thuế của ĐTNT thông qua việc thực hiện phơng pháp tự tính, tự kê khai thuế. Phát huy chức năng, quyền hạn của cơ quan thuế trong việc hành thu theo đúng chức năng Nhà nớc quy định. Xoá bỏ chế độ cán bộ thuế chuyên quản ĐTNT (dễ dẫn đến tình trạng thông đồng gian lận trốn thuế). áp dụng các biện pháp xử lý nghiêm minh đối với những trờng hợp vi phạm, khai man, trốn lậu thuế.
Việc thực hiện quy trình quản lý hiện hành vẫn duy trì việc cơ quan thuế in và phát hành thông báo thuế và quy định các doanh nghiệp phải nộp thuế theo số thuế và thời hạn trong thông báo thuế của cơ quan thuế không tạo tính chủ động nộp thuế cho ĐTNT, nên nhiều trờng hợp vẫn còn nộp chậm thuế làm cho công tác thu ngân sách chậm, cha nâng cao đợc ý thức tự giác của ĐTNT. Vì vậy cần nâng cao ý thức tự giác, chủ động trong việc thực hiện nghĩa vụ nộp thuế của ĐTNT.
Tổ chức chỉ đạo thực hiện tốt các quy trình quản lý nghiệp vụ, các văn bản hớng dẫn, chỉ đạo của Chính phủ, Bộ Tài chính, Tổng cục thuế và UBND Tỉnh. Tham mu cho UBND Tỉnh ban hành các chỉ thị, chính sách có liên quan đến thuế GTGT nhằm khuyến khích đầu t, ổn định phát triển sản xuất, kinh doanh, tạo môi trờng bình đẳng trong cạnh tranh. Tiếp tục tổ chức triển khai thật đầy đủ, kịp thời và chặt chẽ những chủ trơng, chính sách thuế GTGT mới đợc bổ sung, sửa đổi.
Cần xây dựng sổ tay nghiệp vụ thuế đối với từng loại nghiệp vụ thuế, từng đối tợng thuế tạo điều kiện cho cán bộ thuế có cẩm nang để thực thi công vụ tốt hơn.
Tăng cờng hiệu quả công tác hoàn thuế GTGT. Kiểm tra chặt chẽ hồ sơ xin hoàn thuế GTGT, có chế độ khen thởng thoả đáng cho những ngời phát hiện, tố giác các trờng hợp vi phạm hoàn thuế và xử lý nghiêm các trờng hợp vi phạm đó.