Năm 1990, bộ máy quản lý thuế Nhà nớc đợc tổ chức lại theo hệ thống ngành dọc từ trung ơng đến địa phơng trên cơ sở hợp nhất bộ máy và biên chế 3 ngành là Cục thu quốc doanh, Cục thuế công thơng nghiệp ngoài quốc doanh và Vụ thuế nông nghiệp thành Tổng cục thuế trực thuộc Bộ Tài chính. Hệ thống ngành thuế có nhiệm vụ quản lý thống nhất trong phạm vi cả nớc tất cả các loại thuế, phí và lệ phí của ngân sách Nhà nớc. Dới Tổng cục thuế ở cấp Tỉnh, thành phố trực thuộc trung ơng là các Cục thuế trực thuộc Tổng cục thuế, và dới các Cục thuế là các Chi cục thuế.
Theo cơ cấu chung nh vậy, Cục thuế Nghệ An đợc thành lập và đợc đặt trụ sở tại số 66, đờng Nguyễn Thị Minh Khai, Thành phố Vinh, Tỉnh Nghệ An. Đến nay Cục thuế Nghệ An đã đợc xây dựng khang trang, hiện đại. Các phòng làm việc đợc trang bị đầy đủ trang thiết bị, máy móc hiện đại cần thiết cho công tác thuế. Cục thuế Nghệ An có đội ngũ cán bộ có trình độ chuyên môn nghiệp vụ khá cao, trên 85,21% đạt trình độ Đại học và trên Đại học...
Đợc sự quan tâm, chỉ đạo của cấp trên, sự phối hợp của các ban, ngành chức năng liên quan, cùng với sự nỗ lực phấn đấu của cán bộ công nhân viên ngành thuế Tỉnh Nghệ An và sự cố gắng chấp hành nghĩa vụ thuế của các ĐTNT trên toàn Tỉnh nên ngành thuế Nghệ An nói chung và Cục thuế Nghệ An nói riêng trong những năm qua đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ đợc giao. Góp phần vào công cuộc phát triển hệ thống ngành thuế và công tác quản lý các sắc thuế.