Để thu hút đầu tư vào các KCN, Nghệ An đã nhận thấy một trong những khó khăn cho nhà đầu tư là thủ tục hành chính rườm rà, nhiều cửa, nhiều đầu mối. Để thực hiện được dự án, nhà đầu tư phải mất nhiều thời gian đi lại, tốn kém kinh phí, không nắm bắt được kịp thời cơ hội kinh doanh thì sẽ làm nản lòng nhà đầu tư. Vì vậy, để cải thiện môi trường đầu tư, thu hút các dự án đầu tư vào các KCN, tỉnh đã thành lập ban chỉ đạo cải cách hành
chính và tổ chức thực hiện chương trình cải cách hành chính của tỉnh theo từng năm. UBND tỉnh đã ban hành quyết định số 48/2004/QĐ.UB ngày 18/5/2004 về việc quản lý đầu tư và xây dựng trên địa bàn tỉnh Nghệ An. Ngày 6/9/2005 UBND tỉnh tiếp tục ban hành quyết định số 78/2005/QĐ.UB về việc ban hành quy định về phân cấp, phân công thực hiện một số nội dung trong quản lý đầu tư và xây dựng thay thế quyết định số 48/2004/QĐ.UB. Trong đó, quy định rõ chức năng, nhiệm vụ của các sở, ban, ngành, Ban quản lý các KCN trong lĩnh vực quản lý đầu tư và xây dựng.Thực hiện quyết định số 181/2003/ QĐ.TTg ngày 4/9/2003 của thủ tướng chính phủ về triển khai cơ chế "một cửa", ngày 23/3/2004 UBND tỉnh đã có quyết định số 1056/ QĐ.UB-NV phê duyệt đề án thực hiện cơ chế "một cửa" của cơ quan sở kế hoạch và đầu tư. Cùng với việc thực hiện nghị định số 109/2004/ NĐ.CP ngày 2/4/2004 của chính phủ về đăng ký kinh doanh và thông tư hướng dẫn số 03/TT.BKH ngày 29/6/ 2004 của Bộ kế hoạch và đầu tư về đơn giản hoá thủ tục hành chính trong lĩnh vực đăng ký kinh doanh, tỉnh đã uỷ quyền việc cấp phép đầu tư, phê duyệt kế hoạch xuất nhập khẩu hàng hoá của các doanh nghiệp KCN cho Ban quản lý các KCN. Những thủ tục đầu tư vào KCN cũng như những vướng mắc của nhà đầu tư được tập trung giải quyết ở Ban quản lý các KCN.
Trước đây nhà đầu tư phải qua sở Kế hoạch và đầu tư, qua UBND tỉnh và các cơ quan khác mới triển khai được dự án. Hiện nay, tất cả những thủ tục được giải quyết một cách nhanh chóng, thuận lợi tại Ban quản lý các KCN để các nhà đầu tư có thể triển khai dự án. Công tác thẩm định và cấp phép đầu tư cho các dự án đầu tư vào các KCN, giải quyết các vướng mắc của các doanh nghiệp trong các KCN được thực hiện một cửa tại phòng quản lý đầu tư và xuất nhập khẩu của Ban quản lý các KCN Nghệ An. Thời gian cấp phép từ 20 ngày đối với dự án đầu tư trong nước và 15 ngày đối với dự án đầu tư nước ngoài theo quy định đã được Ban quản lý các KCN Nghệ An rút ngắn xuống còn từ 3- 5 ngày. Việc phê duyệt kế hoạch nhập khẩu hàng hoá cho các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài được ban thực hiện trong vòng 01 ngày. Thủ tục cấp giấy phép lao động cho người nước ngoài được thực hiện một cửa tại phòng quản lý doang nghiệp và lao động của Ban quản lý các KCN Nghệ An. Thời gian cấp phép lao động trong vòng 03 ngày.