Hội đồng quản trị
Gồm 5 thành viên do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn bổ nhiệm, miễn nhiệm.Thực hiện các chức năng quản lý, hoạt động của Tổng công ty, chịu trách nhiệm về sự phát triển của Tổng công ty theo nhiệm vụ của nhà nước giao. Hội đồng quản trị của Tổng công ty có trách nhiệm xây dựng dự thảo điều lệ, tổ chức và hoạt động của Tổng công ty trình Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn, tiêu chuẩn để được bổ nhiệm làm thành viên của Hội đồng quản trị tuân theo quy định tại điều 32 - Luật doanh nghiệp Nhà Nước.
Tổng giám đốc
Là đại diện pháp nhân của Tổng công ty, chịu trách nhiệm toàn bộ hoạt động sản xuất, kinh doanh, thương mại dịch vụ và thực hiện theo quy chế chế độ một thủ trưởng có quyền quyết định cơ cấu tổ chức, bộ máy quản lý và cơ cấu sản xuất theo nguyên tắc tinh giảm, gọn nhẹ, có hiệu quả và phù hợp với từng thời kỳ.
Giúp việc cho tổng giám đốc là các phó tổng giám đốc bao gồm các phó tổng giám đốc 1: phụ trách sản xuất, phó tổng giám đốc 2 phụ trách kinh doanh và phó tổng giám đốc 3 kiêm giám đốc Công ty rau quả 3. Những cán bộ này được sự uỷ quyền của tổng giám đốc và chịu trách nhiệm trước tổng giám đốc và pháp luật trong phạm vi công việc được giao.
Các phòng ban chuyên môn nghiệp vụ
Bao gồm các phòng kinh doanh, và khối hành chính sự nghiệp. Bộ phận này có vai trò chỉ đạo, quản lý các thành viên và trực tiếp kinh doanh xuất nhập khẩu.
Các đơn vị thành viên thuộc Tổng công ty
Tổng công ty gồm nhiều đơn vị thành viên và công ty liên doanh, công ty cổ phần. Các đơn vị này độc lập tiến hành các hoạt động sản xuất, chế biến và xuất nhập khẩu, đồng thời có thể kết hợp với văn phòng Tổng công ty trong việc tìm đầu ra cho sản phẩm một cách có lợi nhất cho toàn Tổng công ty . Song các đơn vị phải tuân theo các chỉ tiêu chung mà Tổng công ty đưa ra, cuối năm sẽ tổng kết kết quả kinh doanh, so sánh với các chỉ tiêu, từ đó làm căn cứ để Bộ đưa ra các chỉ tiêu cần đạt được trong năm tới.
Ban kiểm soát
Do Hội đồng quản trị thành lập để giúp Hội đồng quản trị kiểm tra, giám sát hoạt động của Tổng giám đốc, bộ máy giúp việc và các thành viên trong hoạt động tài chính, chấp hành điều lệ của doanh nghiệp, quyết định của Hội đồng quản trị, chấp hành pháp luật của nhà nước. Ban kiểm soát thực hiện nhiệm vụ do Hội đồng quản trị giao, chịu trách nhiệm và báo cáo công tác trước Hội đồng quản trị chi phí hoạt động kiểm soát, kể cả tiền lương và các điều kiện vật chất cho hoạt động của Ban kiểm soát do Tổng công ty đảm bảo.